之前我有过一篇16s基本概念和数据分析的文章。16S 基础知识、分析工具和分析流程详解
可以分成两部分,生物层面和技术层面。
生物层面:
1. 肠道微生物里面包含了哪些微生物?显然包含了所有层面的微生物:细菌、古细菌和真菌。
2. 肠道微生物是如何从母体遗传向下一代的?成熟的肠道微生物群体是如何逐步形成的?环境因素占比多少?
3. 肠道微生物是通过什么来影响疾病的?
4. 目前常见的肠道微生物层面的治疗方案有哪些?疗效如何?哪些病是纯粹由肠道微生物引起的?
技术层面:
1. 什么是16s测序、宏基因组?
2. 代谢组学的应用?
3. 关联分析是什么?
4. 还有哪些重要的技术在引领着肠道微生物的飞速发展?
宏基因组测序 代谢组 关联分析
2010 - A human gut microbial gene catalogue established by metagenomic sequencing - 王俊
Fate, activity, and impact of ingested bacteria within the human gut microbiota
Metagenome-wide association studies: fine-mining the microbiome - 王俊
过去曾经将古菌和细菌一同归为原核生物,并将其命名为“古细菌”,但这种分类方式已过时[4]。事实上古菌有其独特的进化历程,并与其它生命形式有显著的生化差异,所以现在将其列为三域系统中的一个域。在这个系统中,古菌、细菌与真核生物各为一个域,并进一步划分为界与门。
人的遗传,自身的DNA(染色体、线粒体)并不能解释所有的表型变异,就算有88%,那么还有12%归结于环境。考虑到肠道微生物,子代可以继承母亲的肠道微生物,这不也似一个层面的遗传吗?可以衡量出肠道微生物占比多少吗?
The relationship between the human genome and microbiome comes into view
后面会把这些内容串起来,其实很难了,现在肠道微生物的研究太广泛了。