From : http://www.cnblogs.com/huangcong/archive/2013/03/26/2981790.html
1、应用程序（比如PHP）长时间的执行批量的MYSQL语句。
最常见的就是采集或者新旧数据转化。
解决方案：
在my.ini文件中添加或者修改以下两个变量：
wait_timeout=2880000
interactive_timeout = 2880000
关于两个变量的具体说明可以google或者看官方手册。
如果不能修改my.cnf，则可以在连接数据库的时候设置CLIENT_INTERACTIVE，比如：
sql = "set interactive_timeout=24*3600";
mysql_real_query(...)
2、执行一个SQL，但SQL语句过大或者语句中含有BLOB或者longblob字段。
比如，图片数据的处理
解决方案
在my.cnf文件中添加或者修改以下变量：
max_allowed_packet = 10M (也可以设置自己需要的大小)
max_allowed_packet 参数的作用是，用来控制其通信缓冲区的最大长度。
mysql根据配置文件会限制server接受的数据包大小。
有时候大的插入和更新会被max_allowed_packet 参数限制掉，导致失败。
查看目前配置
show VARIABLES like '%max_allowed_packet%';
显示的结果为：
+--------------------+---------+ | Variable_name | Value | +--------------------+---------+ | max_allowed_packet | 1048576 | +--------------------+---------+
以上说明目前的配置是：1M
修改方法
1） 方法1
可以编辑my.cnf来修改（windows下my.ini）,在[mysqld]段或者mysql的server配置段进行修改。
max_allowed_packet = 20M
如果找不到my.cnf可以通过
mysql --help | grep my.cnf
去寻找my.cnf文件。
2） 方法2
（很妥协，很纠结的办法）
进入mysql server
在mysql 命令行中运行
set global max_allowed_packet = 2*1024*1024*10
然后关闭掉这此mysql server链接，再进入。
show VARIABLES like '%max_allowed_packet%';
查看下max_allowed_packet是否编辑成功