我有一系列的numpy数组,我需要将这些numpy数组作为需要从FORTRAN中读取的原始二进制float32(不包含任何标头信息)保存在循环中.
import numpy as np
f=open('test.bin','wb+')
for i in range(0,10):
np_data=np.random.rand(10,5)
fortran_data=np.asfortranarray(np_data,'float32')
fortran_data.tofile(f)
f.close()
这是正确的方法,以便我可以正确地从FORTRAN中读取在python中创建的此二进制文件.您的建议将受到高度赞赏
解决方法:
您编写的代码几乎是正确的,但是.tofile方法始终以C顺序编写矢量.我不知道为什么在二进制文件中写入时,np.asfortranarray()会避免这种情况,但是我进行了测试,不幸的是,我们需要在转写矩阵之前对矩阵进行转置,以在Fortran中进行正确的读取而没有任何其他顾虑(这意味着您可以给出实际的矩阵尺寸而无需任何转置).
下面的代码用3D矩阵(通常需要使用)来说明我在说什么:
a = np.arange(1,10*3*4+1)
b = a.reshape(10,12,order='F')
array([[ 1, 11, 21, 31, 41, 51, 61, 71, 81, 91, 101, 111],
[ 2, 12, 22, 32, 42, 52, 62, 72, 82, 92, 102, 112],
[ 3, 13, 23, 33, 43, 53, 63, 73, 83, 93, 103, 113],
[ 4, 14, 24, 34, 44, 54, 64, 74, 84, 94, 104, 114],
[ 5, 15, 25, 35, 45, 55, 65, 75, 85, 95, 105, 115],
[ 6, 16, 26, 36, 46, 56, 66, 76, 86, 96, 106, 116],
[ 7, 17, 27, 37, 47, 57, 67, 77, 87, 97, 107, 117],
[ 8, 18, 28, 38, 48, 58, 68, 78, 88, 98, 108, 118],
[ 9, 19, 29, 39, 49, 59, 69, 79, 89, 99, 109, 119],
[ 10, 20, 30, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 110, 120]])
b已经在Fortran顺序中
c=b.reshape(10,3,4, order='F')
print(c[:,:,0])
[[ 1 11 21]
[ 2 12 22]
[ 3 13 23]
[ 4 14 24]
[ 5 15 25]
[ 6 16 26]
[ 7 17 27]
[ 8 18 28]
[ 9 19 29]
[10 20 30]]
然后我将矩阵c保存在二进制文件中:
c.T.tofile('test_c.bin')
因此,使用此Fortran代码,我能够以在Python中创建c矩阵的正确顺序读取二进制数据:
PROGRAM read_saved_python
IMPLICIT NONE
INTEGER(KIND=8),ALLOCATABLE :: matrix(:,:,:)
INTEGER :: Nx, Ny, Nz
Nx = 10
Ny = 3
Nz = 4
ALLOCATE(matrix(Nx, Ny, Nz))
OPEN(33, FILE="/home/victor/test_c.bin",&
FORM="UNFORMATTED", STATUS="UNKNOWN", ACTION="READ", ACCESS='STREAM')
READ(33) matrix
write(*,*) matrix(:,1,1)
CLOSE(33)
DEALLOCATE(matrix)
END PROGRAM read_saved_python
请注意,在Fortran中,索引从1开始,并且打印以列顺序显示(在这种情况下:先打印第一列,然后打印第二列,然后打印第三列).如果您在读Fortran时没有在此处转置矩阵cTtofile(‘test_c.bin’),即使您像以前那样使用函数np.asfortranarray,您也会注意到矩阵不是您想要的(我什至尝试过np.asfortranarray(c).T.tofile(‘/ home / victor / teste_d.bin’)(只是为了确保),但是矩阵以c顺序写入二进制文件中.