今天来记录galaxy circos给出的第二个例子：Cancer Genomics & Chromothripsis。跟之前一样，先搜索，导入历史。

可以看到，这个范例中一共有20条记录，找到第20条记录Circos Plot，点击重新运行当前任务。

一.Karyotype

 

 看一下5号文件Karyotype：

 

 决定了我们的图最外圈的设计，其中第一和第二列是固定的，第3列是序列的代号，第4列是序列的实际名称（label），第5和第6列是位置，第7列指定颜色。

 

二.2D Data Track

1.插入的第一张2d图，半径为0.95~0.8，类型是散点图，文件是13号，最小值和最大值分别为-1和1。

 

 插入两条规则，第一条规定点的值在0.15以上的显示为绿色：

 

 第二条规定值在0.15以下的显示为红色：

 

 此处还添加了Axes小板块，设置radius(和track的位置关系)，颜色为黑色，厚度为1，间隔为0.5：

 

 2.第2张2d图也是一张散点图，位置在0.75~0.6，选择第10号文件，值在0~1之间：

 

 10号文件：

 

 设置Axes,因为在更内圈，所以把spacing改小一半:

 

 

三.Link Tracks

之前没有涉及到这一板块的应用，这里一起来看一下：

 

 半径为0.55，选择文件12号，link类型为basic，选择黑色，透明度选择不透明，厚度为1，Link的弯曲度也可以设置，在Bezier Radius设为0.3。

Advanced Settings小板块：

 

 crest为波峰，当值为0时，没有影响。

 

 设置link在染色体之间。

插入第2个link,半径为0.35，选择文件12号，选择link类型为basic，颜色为红色，不透明，厚度为2，Bezier Radius为0。

 

 高级设置：

 

 连线类型为染色体内部：

 

 

四.General

 

五.ideogram

设置序列的配色方案，长度单位Mb，间隔0.005，半径0.85，厚度50。

 

 设置标签，半径为0.075，字体大小为64，以及位置：

 

 设置Band：

 

Ticks和Hightlights板块都没有设置。

点击执行，出图：