环境：阿里云ECS服务器上，Ubuntu linux 12.04，64位版。MySQL 5.1.

首先查看/etc/rc.local，可以看到Ubuntu通过/etc/init.d/mysqld脚本启动mysql服务：

/etc/mysqld start

这个脚本是安装时从/alidata/server/mysql/目录（mysql安装目录）拷贝过来的，没问题。

但是在执行这个脚本时，会调用/alidata/server/mysql/bin/my_print_defaults，

将输出内容交给脚本函数parse_serverarguments()解析，

得到$basedir, $bindir, $datadir这几个启动目录。

问题就出在执行my_print_defaults上。

通过执行/alidata/server/mysql/bin/my_print_defaults --help，可以看到它从以下几个目录读mysql配置：

1. /etc/my.cnf 　　
2. /etc/mysql/my.cnf 　　
3. /alidata/server/mysql/etc/my.cnf 　　
4. ~/.my.cnf

后面两个路径不存在，所以只会读取前两个文件的内容。
/etc/my.cnf是安装时从/alidata目录拷过来的，没有问题。 
/etc/mysql/my.cnf却是ubuntu缺省存在的，一读，就把前面的覆盖了。

所以删除/etc/mysql目录，执行/etc/init.d/mysqld restart，就OK了。

[后记]

晚上时候，同事报MySQL又启动不了。错误日志：

/alidata/server/mysql/libexec/mysqld: File '/var/log/mysql/mysql-bin.index' not found (Errcode: 13)　　

网上搜到文章说”Errorcode:13“是目录权限问题而这个文件是存在的！mysql用户也有读写权限。

尝试给/var/log/mysql目录权限从0755改成0775，给mysql用户组也加了写权限，现在的权限是：

drwxrwxr-x 2 mysql mysql 4096 Oct 16 23:00 mysql/

继续启动MySQL，失败，但错误日志已经从刚才的变成了这个（说明mysql组也需要写权限，难道启动mysql需要其他mysql组用户？）：

/alidata/server/mysql/libexec/mysqld: File './mysql-bin.000032' not found (Errcode: 2)

继续搜，在这里找到了方法，编辑/var/log/mysql/mysql-bin.index，删除其中的一行内容：

mysql-bin.000032

再次启动MySQL，成功。