【UCSC Genome Browser 大乱炖】Genes and Gene Predictions - GENCODE

GENCODE 是Sanger研究院维护的基因组功能注释数据库（https://www.gencodegenes.org），UCSC浏览器整合了这一数据库，方便研究人员对基因信息进行研究。

GENECODE 配置信息

点击GENCODE v32可以对显示参数进行设置。

• display mode 信息的展示由多到少，full(全部显示)>pack>squish>dense>hide(隐藏)

• Label 可以根据自己的需要显示gene symbol， GENCODE Transcript ID， UCSC Known Gene ID， UniProt Display ID， OMIM ID；

• Show UCSC默认只显示基础数据集（Basic gene set），如果需要更全面的数据集（ Comprehensive gene set）也是可以自己选择的

大部分基因有多个转录本，USCS浏览器都会进行展示，如果只想显示一条，可以去除勾选 splice variants, 会显示最长转录本(最长转录本简单粗暴，后续我们会更新其他选择主要转录本的方法)。

• Show codon numbering 对密码子进行设置，是否显示密码子编号;

• Color track by codons 可以按照下面的格式对密码子进行颜色标记：

• 根据基因水平线的粗细来区分CDS、UTR以及Intron区域（粗框表示CDS，细框表示UTR，线表示intron，）连接线上的箭头指示转录方向。

• 根据颜色对基因进行分类（个人认为这个标记并不准确，供参考）
  

• Display data as a density graph 可以显示指定区域的基因密度图（参考：http://genome-asia.ucsc.edu/goldenPath/help/hgWiggleTrackHelp.html）

• Data access 提供获取数据的方式

GENECODE 基因信息

上图是GENECODE track 显示的基因信息（以DMD基因为例），如果我们想了解更多基因信息可以点击左侧的基因名称（建议用鼠标中键，在新标签中打开，否则在当前页打开），这里我们选择蓝色背景的转录本ENST00000357033.8（这是DMD基因的常用转录本，后续会讲如何选择常用转录本）。

打开之后会发现，这个页面详细介绍了DMD基因的情况，大家可以根据自己的需要进行查看。

• Sequence and Links to Tools and Databases（与其他数据库的关联）
• MalaCards Disease Associations（基因与疾病的联系）
• Comparative Toxicogenomics Database (基因与药物/化合物的联系)
• RNA-Seq Expression Data from GTEx (RNA-Seq中基因的在53个组织中表达情况)

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• Microarray Expression Data（基因芯片数据中基因的表达情况）
• mRNA Secondary Structure of 3’ and 5’ UTRs（基因UTR区域的二级结构）
• Orthologous Genes in Other Species（其他物种的同源基因）
• Descriptions from all associated GenBank mRNAs（GenBank中的其他转录本）
• Biochemical and Signaling Pathways（基因相关的信号通路）
• Other Names for This Gene（基因的其他名字）
• GeneReviews for This Gene（NCBI GeneReviews数据库对基因的介绍）

基本上，你想要的基因信息都给你了