star和rsem的下载安装

建立索引(鼠和人)40min

wget ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/gencode/Gencode_mouse/release_M24/gencode.vM24.annotation.gtf.gz

wget ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/gencode/Gencode_mouse/release_M24/GRCm38.primary_assembly.genome.fa.gz

建立索引

/home/wuxiaobin/RSEM/bin/rsem-prepare-reference -gtf ~/gene_annotation/gencode.vM24.annotation.gtf --star -p 8 ~/gene_annotation/GRCm38.primary_assembly.genome.fa ~/second_object/mus_ref/mus_gencode

nohup /home/wuxiaobin/RSEM/bin/rsem-prepare-reference -gtf ~/gene_annotation/gencode.v31.annotation.gtf --star -p 8 ~/gene_annotation/GRCh38.primary_assembly.genome.fa ~/human_ref/human_gencode &

计算表达量

SE data:

nohup rsem-calculate-expression --star -p 8 --no-bam-output ./qc.fastq ~/ref/mus_ref/mus_gencode ./mus38_gencode &

PE data：

~/RSEM/bin/rsem-calculate-expression --paired-end --star -p 8 --no-bam-output ~/test/test_1.fastq ~/test/test_2.fastq ~/human_ref/human_gencode ~/test/pe/human38_gencode

作者：mmc_Caterpillar
链接：https://www.jianshu.com/p/b2df2ed0027b
来源：简书
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