1. 额外开销：

每个索引占据一定的存储空间，在进行插入，更新和删除操作时也需要对索引进行操作。所以，如果你很少对集合进行读取操作，建议不使用索引。

2. 内存使用：

由于索引是存储在内存(RAM)中,你应该确保该索引的大小不超过内存的限制。如果索引的大小大于内存的限制，MongoDB会删除一些索引，这将导致性能下降。

3. 查询限制：

索引不能被以下的查询使用：

正则表达式及非操作符，如 $nin, $not, 等。

算术运算符，如 $mod, 等。

$where 子句

所以，检测你的语句是否使用索引是一个好的习惯，可以用explain来查看。

4. 索引键限制：

从2.6版本开始，如果现有的索引字段的值超过索引键的限制，MongoDB中不会创建索引。

5. 插入文档超过索引键限制：

如果文档的索引字段值超过了索引键的限制，MongoDB不会将任何文档转换成索引的集合。

6. 最大范围

集合中索引不能超过64个

索引名的长度不能超过125个字符

一个复合索引最多可以有31个字段