首先基因型文件满足plink格式，生成包含有ped.map及二进制的bed.bim和fam即可；

./gemma-0.98.1-linux-static -bfile g -gk 2 -p p.txt -o gemma 亲缘关系矩阵；

./gemma-0.98.1-linux-static -bfile g -k ./output/gemma.sXX.txt -lmm 1 -p p.txt -c c.txt -o gemma_out 关联分析；

主要参考邓飞笔记 | GWAS 操作流程5-1：根红苗正的GWAS分析软件：GEMMA - 云+社区 - 腾讯云 (tencent.com)笔记 | GWAS 操作流程5-2：利用GEMMA软件进行LMM+PCA+协变量 - 云+社区 - 腾讯云 (tencent.com)两篇文章

中间出错有，采用协变量成分时如下：

一直报错：GSL ERROR: matrix is singular in lu.c at line 266 errno 1，

出不来结果，中间无数次修改，还看到有博主说删除第一列截距就能出来结果，可我的还是不行。

再最后一遍尝试把中间的性别和世代都删除了忽然就出来结果了。

当然也不能确定结果就正确，也不太明白协变量应该留那些，目前就是留了

 

这样协变量就能做出来了。

如果有用也希望能帮助到你，有错误也希望能告诉我下。一起入门学习，借鉴经验。

参考文献：

使用GEMMA进行GWAS分析 - 简书 (jianshu.com) 

GWAS | 使用GEMMA进行全基因组关联分析 - 云+社区 - 腾讯云 (tencent.com)