Seurat3.0小提琴图腰围的参数

小提琴图没有有些群没有出现小提琴只有点点,是由于0值比例太多,

一个关键的参数scale = "width"导致了这种局面,应加上上述参数

ggplot(p$data,aes(ident,CD4)) + geom_violin(scale = "width", adjust =1, trim = TRUE)  + geom_jitter()+ theme_bw()

adjust参数可以调整腰的粗细,eg:

ggplot(p$data,aes(ident,CD4)) + geom_violin(scale = "width", adjust =.5, trim = TRUE)  + geom_jitter()+ theme_bw()

我们如何画出都有小提琴的小提琴图呢?也许可以用的方法之一就是,数据过滤。

VlnPlot(subset(pbmc3k.final,CD4 > 0 ), "CD4")+ theme_bw()

改腰围:

VlnPlot(subset(pbmc3k.final,CD4 > 0 ), "CD4",adjust = .2)+ theme_bw()
上一篇:数组去重的方法们


下一篇:Genesis Studiopress 付费 WordPress 主题 30 套