之前一直用jbrowse 发现有些信息展示的不准确,如浏览一个bam文件的比对情况。在某一位点,深度为1000,但是浏览器显示的小于1000,并且read也经常会缺少。所以果断放弃jbrowse,用tablet。经过对比发现,在jbrowse显示错误的地方tablet显示的是正确的。
并且tablet可以在windows系统下。安装更加容易,也不需要什么配置文件。下面说说tablet的主要使用方法。
准备好参考基因组,bam以及bam的index文件
ctrl + o 先导入bam文件 然后再ctrl + o 才能导入fa文件
tablet和jbrowse一样,一次只能看一条序列。在最左侧的contigs browser panel中选择想要查看的序列。
除了contig名字之外,还有reads数, contig长度。在下方有过滤选项,可以只显示你想看的contig。
panel的最右侧是搜索,即可以搜reads,也可以搜subsequence. combo box下面可以选择是否在当前contig搜索.
如果勾选ignore pads when seaarching.
the search term ACGT will match the following sequences:
A |
C |
G |
T |
||||
A |
C |
* |
G |
T |
|||
A |
C |
* |
* |
* |
* |
G |
T |
A |
C |
N |
G |
T |
overview panel会显示覆盖度等信息,打开和关闭在Advanced:
还可以调节是否显示坐标,覆盖度的显示方式。覆盖度有两种显示方式,一种是scaled data overview(不精细),另一种是coverage overview(显示的更加精细)。单击右键可以选择覆盖度模式,也可以直接点击advanced中的scaled和coverage来选择。
在overview panel中直接点击鼠标左键,即可快速到达你想看的地方。你看到的就是红框所在地,也可以拖动红框来移动。
在overview panel 下方可以直接查看比对信息,在Color schemes中可以选择模式,如nucleotide模式,read type模式,direction模式,鼠标放在每个模式上会显示帮助信息。
覆盖度上面的那个bar是bam bar, 白色的代表目前的位置,灰色的代表之前的位置。
右击一个碱基,可以选择outline: 有read(将这个碱基所在read圈起来), row(将这个碱基所在的整行圈起来), column(将这个碱基所在的整列圈起来)。取消所有标记选择clear all.
浏览的话直接按住左键拖动鼠标即可。放大缩小可以按ctrl滚动鼠标滚轮。
鼠标悬浮某个read上会显示read的信息。前体是read info打开:
悬浮的信息中,包含read name, 起始, read是正向(绿色)还是反向(蓝色)。如果是paired-end数据,1/2代表第一个read,2/2代表第二个read。
如果想直接定位到某个坐标,比如我想看1234435坐标处的情况,ctrl + j 输入坐标即可,如果不在当前染色体,如想看Chr2 上12345处的情况,输入Chr2:12345
更详细的说明文档,请参考官网:http://bioinf.hutton.ac.uk/tablet
by freemao
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