1、System.currentTimeMillis()获取的是系统的时间，可以使用SystemClock.setCurrentTimeMillis(long millis)进行设置。如果使用System.currentTimeMillis()来获取当前时间进行计时，应该考虑监听ACTION_TIME_TICK, ACTION_TIME_CHANGED 和 ACTION_TIMEZONE_CHANGED这些广播ACTION，如果系统时间发生了改变，可以通过监听广播来获取。

2、SystemClock.uptimeMillis()表示系统开机到当前的时间总数，单位是毫秒，但是，当系统进入深度睡眠（CPU休眠、屏幕休眠、设备等待外部输入）时间就会停止，但是不会受到时钟缩放、空闲或者其他节能机制的影响。

3、SystemClock.elapsedRealtime()和SystemClock.elapsedRealtimeNanos()表示系统开机到当前的时间总数。它包括了系统深度睡眠的时间。这个时钟是单调的，它保证一直计时，即使CPU处于省电模式，所以它是推荐使用的时间计时器。

有几种机制，用来控制事件时间： 
1、标准函数Thread.sleep(millis)和Object.wait(millis)是一直被使用的。如果这些函数使用SystemClock.uptimeMillis()时钟，如果设备进入休眠状态，那么提醒时间可能会被推迟到设备唤醒。并且这些同步函数可以被Thread.interrupt()打断。

2、SystemClock.sleep(millis)是一个工具函数类似于Thread.sleep(millis)，不同的是它忽略了InterruptedException异常，如果你不使用Thread.interrupt()的话，就可以使用这个函数来延迟。

3、Handler可以在一个绝对或者相对的时间里同步的调度Runnable对象，它可以使用SystemClock.uptimeMillis()时钟。

4、AlarmManager可以设置一个定时器事件，当时间到来的时候，不管设备是否处于深度睡眠或者正在运行，事件都会发生。

来自：http://developer.android.com/reference/android/os/SystemClock.html