2021-03-19

关于服务器 Xshell 和 文件传输XFTP

1、首先我说一下关于这两个软件的下载安装,下载的话直接搜索进入官网NetSarang去下载,如果在网上下载压缩包那些都是有试用期的,因为对于Xshell & XFTP,它获取破解版的需要你更改一下使用目的,然后需要你注册填写一下邮箱。网址如下:https://www.netsarang.com/zh/xshell-download/;你可以选择Xshell、XFTP同时下载或者只下载其中一个。根据他给你发的邮箱指引进行下载安装。点击链接进去就会自动下载,如果没有自动下载,再手动点击。

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2、下载安装一般就是默认的路径就好了,如果要更改也行。之后进入Xshell,这里一开始是新建一个会话,重要的是主机、端口号、之后点击确定;再进去点击连接,会需要你输入用户名 & 密码,可以记住密码,这样下次再连接就不用输入密码这些了。

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3、对于XFTP文件传输,我在这里卡了很多次,这里主要说一下,我一直没注意的问题,就是注意构建连接的协议,我之前一直以为就是XFTP,连不上,还以为是端口号、主机这些的问题,后来无意中把SFTP改成FTP之后就连上了。

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4、这样就实现本地文件与服务器文件的互传,并且一些大程序需要挂到服务器上去运行,本地电脑会直接卡崩。下面我就说一个简单的例子,在服务器运行R程序。(因为我主要学R,生物信息数据分析用的多) 

(1)编写R脚本文件,即R代码,保存成 name.R。

(2)编写与.pbs文件,这是在服务器运行程序语言的一种方式,目前我只会这种。具体pbs文件的编写格式以及每一行代表什么,可以去百度一下。挺简单的。主要的就是后面两行。2021-03-19

(3)如果R脚本文件 & pbs(pbs保存为 name.pbs )文件都写好了,并且都在服务器上,在保证代码没问题的基础上,只要在Xshell运行 qsub  name.pbs就可以了。 

(4)另外讲几个有用的命令: 

1.  qstat : 查看本用户当前提交的任务。

2. pbsnodes –a  :查看当前服务器各节点任务状态。

3. qsub script.pbs :提交作业。

4. qstat –f tasked :查看已提交的作业。

5. qdel [-W 间隔时间] tasked (-W 表示间隔多少时间之后删除) :删除已提交的作业。

6. qstat : 查看本用户提交的任务。其中可以在qstat -n/-q。

7. showq : 查看系统中所有运行的任务。
 

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