一、目录权限设置很重要：可以有效防范黑客上传木马文件.
如果通过 chmod 644 * -R 的话，php文件就没有权限访问了。
如果通过chmod 755 * -R 的话，php文件的权限就高了。

所以就需要分开设置目录权限和文件权限：

linux 服务器权限：经常要用到的命令:

find /path -type f -exec chmod 644 {} \; //设置文件权限为644
find /path -type d -exec chmod 755 {} \; //设置目录权限为755

设置完成后，再通过命令：chown root:root * -R 将目录和文件的所有者改为root。

这样就更加安全了。

FTP用户，确定使用的是linux主机。windows需要登录到服务器中设置。
进入到phpcms 安装根目录，选取所有文件：
设置数字值为：755，同时选定：选择递归处理子目录，只应用到目录
同样再选择所有文件，数字值为：644，选择递归处理子目录，只应用到文件
如果设置错了，重新再设置就可以了。

二、Linux find命令 查找可疑的木马文件
查找：30天内被修改的文件
find ./ -mtime -30 -type f -exec ls -l {} \;
找到目录下所有的txt文件
find ./ -name "*.txt" -print
找到目录下所有的txt文件并删除
find ./ -name "*.txt" -exec rm -rf {} \;
找到目录下所有的php文件 并且在30天之类被修改的文件
find ./ -name "*.php" -mtime -30 -typef -exec ls -l {} \;
找到目录下所有的php文件，同时，满足 30天以内，1天之前的
find ./ -name "*.php" -mtime -30 -mtime +1 -type f -execls -l {} \;

三、通过apache配置限定：
1、apache 下 禁止目录执行php 
通过目录下面放置 .htaccess文件来限制权限。
该方法会将php文件当做附件并下载。同时，可以通过浏览器访问到文件。
php_flag engine off

使用场景：在下面目录放置
\uploadfile\
\statics\
\html\
\phpsso_server\uploadfile\
\phpsso_server\statics\

2、禁止通过浏览器访问所有文件

通过目录下面放置 .htaccess文件来限制权限。
RewriteEngine on
RewriteRule ^(.*) /index.html

使用场景：
\caches\
\phpsso_server\caches\

3、禁止php跨目录浏览权限配置：

虚拟主机配置样例：
<VirtualHost *:80>
ServerAdmin root@phpip.com
DocumentRoot /data/wwwroot/www
ServerName www.phpip.com
<Directory /data/wwwroot/www>
Options FollowSymLinks
AllowOverride Options FileInfo
Order allow,deny
Allow from all
php_admin_value open_basedir /data/wwwroot/www/:/var/tmp/
DirectoryIndex index.htm index.html index.php 
</Directory>
ErrorLog "| /usr/sbin/rotatelogs /data/logs/%m_%d_www.phpip.com-error_log 86400 480"
CustomLog "| /usr/sbin/rotatelogs /data/logs/%m_%d_www.phpip.com-access_log 86400 480" common
</VirtualHost>

4、按天存放apache日志：

参考上面配置文件：
ErrorLog "| /usr/sbin/rotatelogs /data/logs/%m_%d_www.phpip.com-error_log 86400 480"
CustomLog "| /usr/sbin/rotatelogs /data/logs/%m_%d_www.phpip.com-access_log 86400 480" common