首先了解以下运行级别对应工具的变化历史：
1、Ubuntu 6.10及以前版本使用Sysvinit。
2、Ubuntu 14.10及以前版本使用Upstart但是还留着Sysvinit并存。
https://wiki.ubuntu.com/Upstart
https://help.ubuntu.com/community/UpstartHowto
3、Ubuntu 15.04开始预设使用Systemd，但是可以在开机选项选择使用Systemd或Upstart，但是不可同時使用Sysvinit或Upstart并存。
https://wiki.ubuntu.com/SystemdForUpstartUsers
下面是分析：
从11.04版起，我想。MySQL由Upstart进行处理，而Apache仍然使用传统的Sysvinit脚本。
对于MySQL，可以使用Upstart中的新的覆盖功能来修改启动行为：
echo "manual" | sudo tee /etc/init/mysql.override
有关更多信息，请参阅Upstart Cookbook中的“ 禁止自动启动作业 ” 一节。
而在16.04版本上，由于使用了Systemd进行接管，以上脚本无法使用，那么需要使用以下脚本来禁止才能通过：
#禁止启动
sudo systemctl disable mysql
#开机启动
sudo systemctl enable mysql
所以，我猜测，MySQL现在整体由Systemd进行处理，但是这仅限于以APT源和deb文件安装的版本，而对于以二进制包（tar.gz压缩包）安装的版本，然仍使用Sysvinit脚本进行控制。
对于Systemd来说，服务在运行级别上简化很多，不用关心运行在哪个运行级别上。默认已经帮你配置好。
对于Apache的分析：
由于Apache仍然使用传统的Sysvinit脚本，可以使用它
sudo update-rc.d -f apache2 remove
从中删除链接/etc/rcX.d或替代使用
sudo update-rc.d apache2 disable
它通过将脚本从起始脚本更改为停止脚本来“禁用”脚本。这是可逆的
sudo update-rc.d apache2 enable
而对于Sysvinit脚本的操作，对应的工具就是sysv-rc-conf。
参考：
https://askubuntu.com/questions/833094/how-can-i-disable-autostart-of-mysql-server
https://askubuntu.com/questions/57381/how-to-stop-mysql-from-running-at-boot-time