R与数据分析旧笔记(十五) 基于有代表性的点的技术:K中心聚类法

基于有代表性的点的技术:K中心聚类法

基于有代表性的点的技术:K中心聚类法

  • 算法步骤
    1. 随机选择k个点作为“中心点”
    2. 计算剩余的点到这个k中心点的距离,每个点被分配到最近的中心点组成聚簇
    3. 随机选择一个非中心点R与数据分析旧笔记(十五) 基于有代表性的点的技术:K中心聚类法,用它代替某个现有的中心点R与数据分析旧笔记(十五) 基于有代表性的点的技术:K中心聚类法,计算这个代换的总代价S
    4. 如果S<0,则用R与数据分析旧笔记(十五) 基于有代表性的点的技术:K中心聚类法代替R与数据分析旧笔记(十五) 基于有代表性的点的技术:K中心聚类法,形成新的k个中心点集合
    5. 重复2,直至中心点集合不发生变化

K中心法的实现:PAM

  • PAM使用离差平方和来计算成本S(类似于ward距离的计算)
  • R语言的cluster包实现了PAM
  • K中心法的优点:对于“噪音较大和存在离群值的情况,K中心法更加健壮,不像Kmeans那样容易受到极端数据影响
  • K中心法的缺点:执行代价更高

cluster包的pam()函数

> library(cluster)
> x=iris[,1:4]
> kc=pam(x,3)
> kc
Medoids:
ID Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width
[1,] 8 5.0 3.4 1.5 0.2
[2,] 79 6.0 2.9 4.5 1.5
[3,] 113 6.8 3.0 5.5 2.1
Clustering vector:
[1] 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
[38] 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2 3 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2
[75] 2 2 2 3 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 3 2 3 3 3 3 2 3 3 3 3
[112] 3 3 2 2 3 3 3 3 2 3 2 3 2 3 3 2 2 3 3 3 3 3 2 3 3 3 3 2 3 3 3 2 3 3 3 2 3
[149] 3 2
Objective function:
build swap
0.6709391 0.6542077

Available components:
[1] "medoids" "id.med" "clustering" "objective" "isolation"
[6] "clusinfo" "silinfo" "diss" "call" "data"
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