1.RMSD

【1】prmtop参数文件水分子去除prmtop.cpptraj

parm X_box.prmtop
parmstrip :WAT
parmwrite out X_box_strip_wat.prmtop
run

执行命令

cpptraj prmtop.cpptraj

【2】nc轨迹文件水分子去除nc.cpptraj

parm X_box.prmtop
trajin X_box_md.nc
autoimage
strip :WAT
trajout X_box_md_strip_wat.nc netcdf
run

执行命令

cpptraj nc.cpptraj

【3】RMSDrmsd.cpptraj

parm X_box_strip_wat.prmtop
trajin X_box_wat_md1_strip_wat.nc
rms ToFirst :1-1104&!@H= first out X_rmsd.agr mass
run

执行命令

cpptraj rmsd.cpptraj

【4】X_rmsd.agr文件查看

使用xmgrace

xmgrace X_rmsd.cpptraj

如下

2.片段提取

【1】提取轨迹中某一帧结构frame.cpptraj

parm X_box.prmtop
trajin X_box_md_.nc  1234 1234
trajout X_box_md_1235.pdb
run

cpptraj frame.cpptraj

3.MMPBSA/GBSA

在进行MD模拟的过程中，复合体水盒的prmtop文件已经生成，可以使用ante-MMPBSA.py脚本将复合体、蛋白受体、小分子配体的参数文件从水盒prmtop文件中分别提取出来。
【1】prmtop文件拆分

复合体prmtop文件，只需要去除水分子、金属离子

ante-MMPBSA.py -p X_box.prmtop -c com.prmtop -s ":WAT,Na+,MG" --radii=mbondi2

蛋白质受体prmtop文件，去除水分子以及小分子配体、金属离子

ante-MMPBSA.py -p X_box.prmtop -c rec.prmtop -s ":WAT,Na+,MG,Y" --radii=mbondi2

小分子配体prmtop文件，去除水分子，蛋白质链、金属离子以及辅酶

ante-MMPBSA.py -p X_box.prmtop -c lig.prmtop -s ":WAT,Na+,MG,MG,GPP,1-1068" --radii=mbondi2

【2】轨迹文件格式转化

parm X_box.prmtop
trajin X_box_md.nc
trajout X_box_md.mdcrd x

【3】MMPBSA.py输入文件mmpbsa.in

&general
startframe=1000, endframe=8000, interval=20,
/
&gb
igb=2, saltcon=0.100
/
&pb
istrng = 0.100,
/

执行命令

mpirun -np 20 $AMBERHOME/bin/MMPBSA.py.MPI -O -i mmpbsa.in -o FINAL_RESULTS_MMPBSA.dat -sp X_box.prmtop -cp com.prmtop -rp rec.prmtop -lp lig.prmtop -y X_box_md.mdcrd