1）存储结构上不同：
MyISAM非聚簇索引，数据在磁盘上分成3个数据文件存放，.frm后缀文件是表结构文件，.MYD后缀是表数据文件，.MYI是表索引文件。
InnoDB聚簇索引，数据（表结构、数据、索引）都存放在一个数据文件（也可能多个，但是是不同的表空间）。
2）存储空间不同：
MyISAM可被压缩，存储空间小。可存储静态表、动态表、压缩表。
InnoDB需要更多的内存和存储，它会在主内存中建立其专用的缓冲池用于高速缓冲数据和索引。
3）支持事务不同
MyISAM不支持事务，InnoDB支持事务
4）外键
MyISAM不支持外键，InnoDB支持外键
5）全文索引
MyISAM支持全文类型索引，而InnoDB不支持全文索引。
6）锁
MyISAM支持表锁，InnoDB支持表锁和行锁，默认为行锁。