写在前面的话：

疫情的影响，一直没有开学，一家人老实在家待着，除了看看孩子之外就是学习一下新的东西了。

再啰嗦一下：

之前分析Rna-seq的流程忘得差不多了，近期感觉记笔记是个好习惯，于是开始记笔记。现学现卖，作为现学现卖的第一篇，今天就讲讲conda吧。

为什么用conda呢？

是因为，之前接触conda简单就是为了安装软件用，别人怎么用我就怎么搞。我想了想，不能这么干，一直想学习一下。

为什么是今天说conda呢？

是因为最近按了一款软件，hisat2，学习过生信的人都知道hisat2，这是一款比对软件，跟bwa不同这款软件是用来讲rna比对到基因组的软件。最近在网上报了一个学习班，转录组分析班，在这里就不说是哪个学习班了，免得说是打广告。培训班有培训班的好处，也有不好的地方，抽空写一篇杂文再叨叨一下。

我用的conda是4.8.2版本的，conda 安装hisat2的时候很顺利，但是在用软件的时候产生了一个错误，

Traceback (most recent call last):
  File "/home/xpy/miniconda3/envs/genek/bin/hisat2_read_statistics.py", line 210, in <module>
    reads_stat(args.read_file, args.read_count)
  File "/home/xpy/miniconda3/envs/genek/bin/hisat2_read_statistics.py", line 168, in reads_stat
    for id, seq in fstream:
  File "/home/xpy/miniconda3/envs/genek/bin/hisat2_read_statistics.py", line 44, in parser_FQ
    if line[0] == '@':
IndexError: index out of range
HISAT2 summary stats:
    Total reads: 500000
        Aligned 0 time: 76217 (15.24%)
        Aligned 1 time: 398465 (79.69%)
        Aligned >1 times: 25318 (5.06%)
    Overall alignment rate: 84.76%

这个错误并没有影响我的数据分析，但是我看着不爽，于是bing，bing搜索的结果是biostar上的，也没啥好意见。于是google，google的结果挺好（哈哈），

是生信技能树的老大写的（https://wemp.app/posts/d2ceaf19-f6a4-47bd-b558-0500efd5ce72），说是可能是因为gcc的版本不同导致的，但是不影响分析。看来这种情况正常。我的conda中 gcc版本是7.3.0 。

/home/xpy/miniconda3/envs/genek/bin/hisat2-align-s version 2.2.0
64-bit
Built on default-56ff2f81-e3ff-4461-b225-c02e23186a2f
Wed Mar 11 23:09:57 UTC 2020
Compiler: gcc version 7.3.0 (crosstool-NG 1.23.0.450-d54ae) 
Options: -O3 -m64 -msse2 -funroll-loops -g3 -DPOPCNT_CAPABILITY -std=c++11
Sizeof {int, long, long long, void*, size_t, off_t}: {4, 8, 8, 8, 8, 8}

 

啰嗦了这么多，还是说一下怎么安装conda吧：

上网找到了清华的镜像：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/

下载最新的miniconda，（为什么成了miniconda，自己百度一下conda和miniconda吧）

wget -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-py38_4.8.2-Linux-x86_64.sh
sh Miniconda3-py38_4.8.2-Linux-x86_64.sh

其他默认就行，如果你想安装到别的地方，也可以。安装的时候，conda 会把自己放到环境变量中，一定要看仔细。

进入conda需要以下方式：

source  ~/miniconda/bin/activate 
.  ~/miniconda/bin/activate 

 

今天就写到这里吧。下一次记录一下，常用的conda命令。

 

 

我引用的资料：

https://www.jianshu.com/p/2c0dde188065

生信菜鸟团微信公众号：可重复的生信分析系列二:Conda的介绍