R语言的包安装实在令人头大，经几个小时的挣扎，现总结R上手推荐路线：

利用anaconda来安装R语言及相应的IDE（这样也可以安装多个版本的R），RStudio是一款比较好用的R IDE。在你安装好anaconda之后，你能找到anaconda navigator应用程序，它可以可视化你安装的一些程序和包，里面就有R和RStudio，当然还有Jupyter notebook等。或者你也可以用命令行来安装，新建一个conda的py环境，在py环境中像安装包一样安装R和RStudio，conda install r=3.4.3等等，你可以提前conda search r看看有哪些可用的r版本。

安装好了之后，我们要来安装monocle这个单细胞分析利器，参考了官方的安装步骤（http://cole-trapnell-lab.github.io/monocle-release/docs/#introduction），实在是安装不上biocLite，于是搜能不能直接来安装monocle，发现bioconductor直接提供了安装方法（https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/monocle.html）

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("monocle")

遂安装毕。接着想到做单细胞分析需要产生大量的图（中间过程），最好使用notebook的方式来做，接着给Jupyter notebook安装R kernel，但是搜出来的都是在R语言里面安装的，用devtool安装irkernel，在安装时又需要Rtools，（***），遂放弃，解决方法就是依旧使用anaconda来安装！

https://izoda.github.io/site/anaconda/r-jupyter-notebook/

在你当前的env中输入最关键的两行即可：

conda install r-recommended r-irkernel
R -e 'IRkernel::installspec()'

遂成功。附上最终Jupyter notebook中的核儿们：

 

最后，问了一下某生信大佬，他建议一般都使用BiocManager::install的方式来安装！