jar包就是别人已经写好的一些类，然后将这些类进行打包，你可以将这些jar包引入你的项目中，然后就可以直接使用这些jar包中的类和属性了，这些jar包一般都会放在lib目录下。  
war是一个web模块，其中需要包括WEB-INF，是可以直接运行的WEB模块。而jar一般只是包括一些class文件，在声明了Main_class之后是可以用java命令运行的。 
它们都是压缩的包,拿Tomcat来说,将war文件包放置它的\webapps\目录下，启动Tomcat,这个包可以自动进行解压，也就是你的web目录，相当于发布了。   war包:是做好一个web应用后，通常是网站，打成包部署到容器中。 jar包：通常是开发时要引用通用类，打成包便于存放管理。 ear包：企业级应用，通常是EJB打成ear包。 
所有的包都是用jar打的，只不过目标文件的扩展名不一样。 
WAR是Sun提出的一种Web应用程序格式，与JAR类似，也是许多文件的一个压缩包。这个包中的文件按一定目录结构来组织：通常其根目录下包含有Html和Jsp文件或者包含这两种文件的目录，另外还会有一个WEB-INF目录，这个目录很重要。通常在WEB-INF目录下有一个web.xml文件和一个classes目录，web.xml是这个应用的配置文件，而classes目录下则包含编译好的Servlet类和Jsp或Servlet所依赖的其它类（如JavaBean）。通常这些所依赖的类也可以打包成JAR放到WEB-INF下的lib目录下，当然也可以放到系统的CLASSPATH中，但那样移植和管理起来不方便。