Cookiecutter 使用

1.需求

  ①make

  ②gcc 4.7以上

  ③python2.7

 应用于Linux/Unix 或者OS X 系统

2.安装

  ①减压缩

    ②git clone http://github.com/ad3002/Cookiecutter.git
cd Cookiecutter/src
make
sudo make install
  
没有root 用以下:  
PREFIX=/my/dir make install

下图,,详细
Cookiecutter  使用


3.如何使用
  ①remove  给Kmer库,输出没有匹配上Kmer的reads
  ②rm_reads  是remove的一个扩展。另外提供了通过(C)n /(G)n轨道或未知核苷酸,读取长度或低序列复杂性的存在来过滤读数的选项,并输出过滤和未过滤的读数;。
  ③extract  给定Kmer库, 输出匹配到Kmer的reads
  ④separate  给定Kmer库,输出匹配以及没匹配上的reads,生成2个文件 So. 如何建立一个Kmer库吶。。。。。。。

① 它可以使用cookiecutter make_library从FASTA文件创建。 例如,命令

cookiecutter make_library -i adapters.fa -o adapters.txt -l 5
将从FASTA文件adapters.fa创建长度为5 bp的k-mers文件adapters.txt。

②如果要从大型数据集创建库,或者计算机上的内存有限,可以使用Jellyfish 2进行快速k-mer计算,并使用以下命令:

jellyfish count -m 23 -s 2G -t 4 --text -o kmer_library.dat yourdata.fastq                      可以翻看以前的关于jellfish随笔。。。。。。。。

下面。。。。如何操作。。首先假定有一个Kmer库-----adapters.txt

Removing reads by k-mers

Kmer库,single_end reads 文件--raw_data.fastq,用以下命令,输入没匹配上reads,

    cookiecutter remove -i raw_data.fastq -f adapters.txt -o filtered,

Extracting reads by k-mers

Kmer库,single_end reads 文件--raw_data.fastq,用以下命令,输入匹配上reads,

cookiecutter extract -i raw_data.fastq -f adapters.txt -o filtered

Advanced read filtration

假如有两个paired-end reads fastq文件,data_1.fastq and raw_data_2.fastq。除了对Kmer可以进行过滤外,还可以通过下面的标准对reads进行过滤:

read长度,(G)n or (C)n 存在,序列复杂性((DUST)以及未知核酸, rm_reads是个不错的选择,命令如下:                                                                                                                         cookiecutter rm_reads -1 raw_data_1.fastq -2 raw_data_2.fastq  -f adapters.txt -o output_dir --polygc 13 --length 50  --dust --filterN

因为有两个pair 问价,所以输出文件也必须是对应关系的。read pairs 只有在两个paire-end read 都过滤才输出,  若一个不满足,则不满足的reads输出一个结尾为.se.astq的文件

Read separation

假如有两个paired-end reads fastq文件,data_1.fastq and raw_data_2.fastq。将Kmer库中与之匹配以及未匹配的reads分别输出到两个文件中。

cookiecutter separate -1 raw_data_1.fastq -2 raw_data_2.fastq -f adapters.txt -o output_dir

Processing multiple input files

Cookiecutter 支持并行运行多个文件,用-1, -2 或者-i 表示 。。  下面例子:
    Cookiecutter  使用

同样也可以输入FASTA文件,,

Cookiecutter  使用

  

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Cookiecutter  使用

详情:https://github.com/ad3002/Cookiecutter/blob/master/README.md

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