摘要

运行cnvnator检测CNV变异，一般用法网上有，这里说几点特殊的。

注意

# generate histogram needs per chromosome per file
cnvnator -root file.root -his 50 -d scaffold/
# bin size evaluation
cnvnator -root file.root -his 30 -d scaffold/
cnvnator -root file.root -stat 30
cnvnator -root file.root -eval 30
# RD/SD needs to be 4-5
# -ngc, usually use gc correction
# -unque may be defalut