一、查看虚拟目录是否存在 
private bool IsExitesVirtualDir(string virtualdirname) 
{ 
   bool exited =false; 
   DirectoryEntry _entry = new DirectoryEntry("IIS://localhost/W3SVC/1/Root"); 
   DirectoryEntries _entries = _entry.Children; 
   foreach(DirectoryEntry _cen in _entries) 
   { 
    if(_cen.Name == virtualdirname) 
     exited = true; 
   } 
   return exited; 
} 
其中virtualdirpath指要建立的虚拟目录名称； 

二、新增虚拟目录 
private void CreateVirtualDir(string virtualdirname,string logicDir) 
{ 
   if(IsExitesVirtualDir(virtualdirname)) 
        DeleteVirtualDir(virtualdirname); 

   DirectoryEntry _rootEntry ; 
   _rootEntry = new DirectoryEntry("IIS://localhost/W3SVC/1/root"); 
   DirectoryEntry _newVirDir; 
   _newVirDir = _rootEntry .Children.Add(virtualdirpath,"IIsWebVirtualDir"); 
   _newVirDir.Invoke("AppCreate",true); 
   _newVirDir.CommitChanges(); 
   _rootEntry .CommitChanges(); 

   _newVirDir.Properties["AnonymousPasswordSync"][0] = true; 
   _newVirDir.Properties["Path"][0] = logicDir + @"virtualdirentry\virtualname\"; 
   _newVirDir.CommitChanges(); 
} 
_newVirDir.Properties["Path"][0] 的值为虚拟目录对应的物理地址； 

三、删除虚拟目录 
private void DeleteVirtualDir(string virtualdirname) 
{ 
   DirectoryEntry _rootEntry ; 
   _rootEntry = new DirectoryEntry("IIS://localhost/W3SVC/1/root"); 
   object[] paras = new object[2]; 
   paras[0] = "IIsVirtualDir"; 
   paras[1] = virtualdirname; 
   _rootEntry .Invoke("Delete",paras); 
   _rootEntry .CommitChanges(); 
} 

如果是在B/S模式下的应用可能会遇到操作权限的问题，可根据不同的系统尝试一下方法！

1，打开web.config，然后在system.web节点中添加一属性 <identity impersonate="true" />
2，目录的EveryOne权限设为全部。

3，把aspnet设置成 system 权限

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.net C# 对虚拟目录IIS的操作