目前,在NCBI中下载SRA数据主要有三种方式:
- 利用Aspera工具下载。
- 利用SRA Toolkit下载。
- 利用wget命令直接下载
第三种最为方便。其中的关键是得到下载数据的链接,即ftp的地址
进入NCBI网页后,按如下步骤操作:
- Step1.设置NCBI的分类为:SRA
- Step2.输入感兴趣的样本号:IRIS_313-11156,点击Search,弹出四条item,说明该样本分四次run上级,我们需要全部下载
- Step3.点击右上角的Send to
- Step4.在Choose Destination中选择File
- Step5.在Format输入栏选择RunInfo
- Step6.点击Create File,此刻会生成一个名为SraRunInfo.csv的文件,图中标黄的一列即为不同次run数据的ftp地址。
wget -c 50 下载地址
若想批量下载则把下载地址放到一个list里面,然后运行下面的代码:
wget -c 50 -i list.txt