在NCBI中下载SRA数据

目前,在NCBI中下载SRA数据主要有三种方式:

  • 利用Aspera工具下载。
  • 利用SRA Toolkit下载。
  • 利用wget命令直接下载

第三种最为方便。其中的关键是得到下载数据的链接,即ftp的地址

在NCBI中下载SRA数据

 

 

 进入NCBI网页后,按如下步骤操作:

  • Step1.设置NCBI的分类为:SRA
  • Step2.输入感兴趣的样本号:IRIS_313-11156,点击Search,弹出四条item,说明该样本分四次run上级,我们需要全部下载
  • Step3.点击右上角的Send to
  • Step4.在Choose Destination中选择File
  • Step5.在Format输入栏选择RunInfo
  • Step6.点击Create File,此刻会生成一个名为SraRunInfo.csv的文件,图中标黄的一列即为不同次run数据的ftp地址。

在NCBI中下载SRA数据

wget -c 50 下载地址

若想批量下载则把下载地址放到一个list里面,然后运行下面的代码:

wget -c 50 -i list.txt

 在NCBI中下载SRA数据

 

 

 

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