方法一：
创建安装部署这部分就不用说了，添加安装部署项目后，鼠标右键安装项目->视图->注册表， 要使软件在开机就运行，可以在HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run中添加键值保存软件目录。在这里我们依次添加以上的项，然后在Run中添加键值，键名可以自己起，value要填软件的物理路径。物理路径是客户在部署确定的，我们如何获取呢？这里我们可以使用[TARGETDIR]获取客户选择的路径，在加上软件的启动文件名称。比如软件启动文件的名称是Client.exe,那么Value的值就为：[TARGETDIR]Client.exe.生成安装项目。找到bin目录下的setup.exe文件运行，安装结束后我们可以在注册表中找到相应的键值。重启电脑系统就会自动运行我们设置的软件。
引自：http://www.cnblogs.com/whj518/archive/2009/10/28/1591026.html
我用的是方法1，可以成功（一开始以为得在local_machine下面的run才可以，现在发现在current_user下面的run也可以）
我发现一个很奇怪的现象，就是假如我在安装包中是通过在local_machine下面的run所添加程序路径进来，然后安装后用系统的注册表编辑器来看，会找不到自己所添加的，但是如果重启一下却又的确可以自动启动我的程序，真是奇怪，就好像本来添加成功了的注册表启动项用注册表编辑器看不到了
在安装包制作中，是有添加一项到run里面的，但是用注册表编辑器却看不到，不过开机启动依然可以自行启动我的程序。。。
方法二：
CSDN中使用VS制作安装程序的介绍很多，我这里主要是在开发winform是制作安装程序后，如何修改.config配置文件，并修改注册表HKEY_LOCAL_MACHINE、SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run下的信息，让自己的程序开机自动运行。
解决以上两个问题关键要作到以下几点：
1、创建安装项目后要在自己的解决方案是添加一个新的类库项目(ClassLibrary1)，并在新类库中添加一下安装程序类(Installer1)，在Installer1类中添加如下代码：
string LogicDir;//用于读取安装目标的物理路径
protected override void OnAfterInstall(IDictionary savedState)
{
base.OnAfterInstall(savedState);
}
public override void Install(IDictionary stateSaver)
{
//string ll=Context.Parameters[]
LogicDir = Context.Parameters["LogicDir"];//Context.Parameters["LogicDir"];
base.Install(stateSaver);
}
protected override void OnBeforeInstall(IDictionary savedState)
{
base.OnBeforeInstall(savedState);
}
public override void Uninstall(IDictionary savedState)
{
base.Uninstall(savedState);
}
public override void Rollback(IDictionary savedState)
{
base.Rollback(savedState);
}
2、在库类项目ClassLibrary1是添加一个window窗体form1，用于完成自定义的安装配置。
窗体界面自己设计；
如添加三个TextBox
txtServerName服务器名称
txtSQLUserName SQL用户名称
txtSQLUserPassword SQL用户口令
添加一个Button
给Form1添加字段 string filePath;
重载Form1的构造函数
public Form1(string filepath)
{
filePath = filepath;
InitializeComponent();
}
Button1的单击事件代码如下：
private void btSave_Click(object sender, EventArgs e)
{
Configuration config = ConfigurationManager.OpenExeConfiguration(filePath + @"\MySchool.exe");
//配置MySchool.exe.config文件。
if (config.ConnectionStrings.ConnectionStrings["MySchoolConnectionString"] != null)
{
config.ConnectionStrings.ConnectionStrings.Remove("MySchoolConnectionString");
//="Data Source=.;Initial Catalog=MySchool;User ID=sa;Password=123456"
string connString = "Data Source=" + this.txtServerName.Text.Trim();
connString += ";Initial Catalog=MySchool;User ID=" + this.txtSQLUserName.Text.Trim();
connString += ";Password=" + this.txtSQLUserPassword.Text.Trim();
ConnectionStringSettings conn = new ConnectionStringSettings("MySchoolConnectionString"
, connString, "System.Data.SqlClient");
config.ConnectionStrings.ConnectionStrings.Add(conn);
config.Save();
//此处开开始添加开机自动运行的键值，注意要using Microsoft.Win32;
RegistryKey hklm = Registry.LocalMachine;
RegistryKey shoftwer = hklm.OpenSubKey(@"SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run",true);
// RegistryKey ksxt = shoftwer.CreateSubKey("ksxt");
shoftwer.SetValue("ksxt", filePath + @"\MySchool.exe");
Application.Exit();
}
}
3.修改安装程序类Installer1中的OnAfterInstall方法如下：
Form1 fm1 = new Form1(LogicDir);//实例化一个窗体，
fm1.ShowDialog();//让新窗体显示
base.OnAfterInstall(savedState);
4.修改安装程序类Installer1中的Install方法如下
LogicDir = Context.Parameters["LogicDir"];//读取安装目标路径
base.Install(stateSaver);
5.在安装项目中“自定义操作”
右击“安装”添加自定义操作，自定义操作来源于安装项目的“应用程序文件夹”中的“主输出来自ClassLibrary1(活动)”项。
6.修改“主输出来自ClassLibrary1(活动)”的CustomActionData属性为 /LogicDir="[TARGETDIR]\"
把Windows Installer 属性的安装目标属性[TARGETDIR]赋值给LogicDir，这样在Install方法中才能读取到安装路径。
照以上步骤生成解决方案后，即可发布自己的程序。
用以上思路也可以实现卸载输入合法口令卸载的功能。
引自：http://blog.163.com/zjlovety@126/blog/static/2241862420106251532268/
from：http://blog.csdn.net/findsafety/article/details/46008929