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Yii 假定了一系列默认的目录用于不同的场合。如果需要，每个目录都可以自定义。

• WebRoot/protected: 这是 应用基础目录，是放置所有安全敏感的PHP脚本和数据文件的地方。Yii 有一个默认的 application 别名指向此目录。此目录及目录中的文件应该保护起来防止Web用户访问。它可以通过CWebApplication::basePath 自定义。

• WebRoot/protected/runtime: 此目录放置应用在运行时产生的私有临时文件。此目录必须对 Web 服务器进程可写。它可以通过CApplication::runtimePath自定义。

• WebRoot/protected/extensions: 此目录放置所有第三方扩展。它可以通过 CApplication::extensionPath 自定义。

• WebRoot/protected/modules: 此目录放置所有的应用模块，每个模块使用一个子目录。

• WebRoot/protected/controllers: 此目录放置所有控制器类文件。它可以通过 CWebApplication::controllerPath 自定义。

• WebRoot/protected/views: 此目录放置所有试图文件，包含控制器视图，布局视图和系统视图。它可以通过 CWebApplication::viewPath 自定义。

• WebRoot/protected/views/ControllerID: 此目录放置单个控制器类中使用的视图文件。此处的 ControllerID 是指控制器的 ID 。它可以通过 CController::viewPath 自定义。

• WebRoot/protected/views/layouts: 此目录放置所有布局视图文件。它可以通过CWebApplication::layoutPath 自定义。

• WebRoot/protected/views/system: 此目录放置所有系统视图文件。系统视图文件是用于显示异常和错误的模板。它可以通过CWebApplication::systemViewPath自定义。

• WebRoot/assets: 此目录放置公共资源文件。资源文件是可以被发布的，可由Web用户访问的私有文件。此目录必须对 Web 服务器进程可写。它可以通过CAssetManager::basePath 自定义

• WebRoot/themes: 此目录放置应用使用的不同的主题。每个子目录即一个主题，主题的名字即目录的名字。它可以通过 CThemeManager::basePath 自定义。