今天呢，主要记录的是如何用galaxy生物信息分析平台上的circos工具做可视化。参考文献如下：

[1] https://academic.oup.com/gigascience/article/9/6/giaa065/5856406

首先我们要进入galaxy的线上平台 https://usegalaxy.eu/ ，进行账号注册。完成后，在“数据共享”下“我的历史”模块搜索circos，出现如下结果：

 

 这是其他用户分享的circos作图历史。这次主要学习最后一项“Circos: Microbe Tutriol”，点击进入后，点击右上角的“+”号import history。

导入之后可以看到一共有22条记录。

先来看第22条记录Circos Plot，点击"Run this job again"，可以看到一共有八个大板块，分别是“Karyotype","2D Data Tracks","Link Tracks","General","Ideogram","Ticks","Highlights","Outputs"。

 

一.先来看第一个大板块“Karyotype"的选择：

  是一条序列文件。

 

二.然后来看第二个大板块2D Data Tracks，可以在里面自行添加”2D Data Plot“:

 在设置完外圈和内圈半径后，可以看到Plot Type选择的是”Text Label",文件选择的是14号”microbe.labels.txt"（从chr1开始）,来看一下这个文件格式：

 

 后面还有可以设置的小板块“Plot Format Specific Options","Rules","Axes","Backgrounds"。

 

 再插入第二个”2D Data Plot":

 设置外圈半径为0.4，内圈半径为0.2，文件选择的是13号“microbe.labels.2.txt”（从chr1开始），看一下这个文件：

 

再插入第三个“2D Data Plot”: 

  设置外圈半径为0.78，内圈半径为0.72，Plot Type为"Tiles"，文件选择19号，"microbile.tile.txt“（如下）。

 此处还设置了"Rules"板块：

  选择条件是一个限定值，选择在原文件中要比较的列，条件是小于，限定值是5kb；

设置要应用的操作，对所有点的填充色进行改变，选择灰色。

 

再插入一个”2D Data Plot“：

 外圈半径是0.68，内圈半径是0.65，Plot Type是Histogram，选择文件为15号，microbe.plot.1.txt（如下，从chr1开始）。应用最小和最大值0.0和1.0。

 

 再插入第5张"2D Data Plot”,

  也是一个直方图，外圈半径为0.65，内圈半径为0.63，文件为16号microbe.plot.2.txt（如下），大小值设置与4一样。

 插入规则，应用于start列的值，条件是modulus(绝对值)，值为2000,行为选改变能见度（change visibility）：

 

 插入第6张“2D Data Plot"图，

 外圈半径为0.62，内圈半径为0.57，也是直方图，文件选择17号microbe.plot.3.txt（如下，从chr1开始），最大和最小值设置如前。

 设置2条规则，value超过0.9为红色，低于0.1为绿色：

 

 

 

三.不添加Link Track图，设置General：

 

四.设置Ideogram板块

选择配色方案，染色体的单位(kb)，间距为0，半径为0.85，厚度为20：

 

 

 

设置”labels“：

 

 

 设置"Cytogenic Bands”，选择文件为21号，选择颜色和厚度：

 

 

 

 

 

 

五.设置Ticks板块，分为4个Tick group。

 

 

 

 

 六.设置“Hightlights"板块18个：

 

 

 

 

后面就是变换文件和半径：

1.0.98，0.95

2.0.85，0.82

3.0.54，0.53

4.0.52，0.51

5.0.47，0.46

6.0.49，0.48

7.0.42，0.41

8.0.44，0.43

9.0.2，0.19

10.0.18，0.17

11.0.16，0.15

12.0.805，0.80

13.0.705，0.70

14.0.555，0.55

15.0.505，0.5

16.0.455，0.45

17.0.405，0.4

从12开始颜色有黑变为浅灰色。

 

全部设置好之后，点击执行，最后生成图片：