CentOS 7 上CNVnator安装

1、到github上下载最新版本

https://github.com/abyzovlab/CNVnator/releases

CentOS 7 上CNVnator安装

2、先看INSTALL文件,要求以下依赖,我的机器上已经安装了前两个,所以直接跳过,这里我就不提了

GNU make
C compiler (e.g. gcc or clang)
CERN ROOT (https://root.cern.ch)
samtools with HTSlib
GNU readline library

3、先编译samtools和htslib,因为需要用的samtools中的一些 .h 的文件,因此需要下载包含源文件的samtools,下载链接:

http://www.htslib.org/download/  ,此时我下载的是 1.9 ,下载之后放到一个目录下,

解压

有文章说编译samtools之前一定要确定安装 ncurses* ,这个我也不确定是不是必须的,反正我安装了下:

参考:https://www.codetd.com/article/6237849

yum -y install ncurses*

然后开始安装samtools , make ,如果没有Makefile 文件,则先编译 ./configure 

然后 cd  htslib-1.9

make ,如果没有Makefile 文件,则先 ./configure 

很重要的一步,把samtools目录 软连接到CNVnator解压后的src目录中

ln -s /path/to/samtools samtools

samtools安装好之后的目录内容如下:

CentOS 7 上CNVnator安装

4、安装ROOT ,下载链接:https://root.cern.ch/content/release-61800 ,我下载的是这个:

CentOS 7 上CNVnator安装

我习惯按照如下目录结构存放软件,6.18.00是解压后的文件夹重命名的(以版本号命名,方便之后区分版本),平级目录创建一个build文件夹

/share/biosoft/root_software_toolkit/
├── 6.18.00
└── build

进入build 文件夹

cmake ../6.18.00

cmake --build .       ## 这一步时间有些长,可以回家前执行上,第二天再继续后边的操作

完事之后,将 build/bin 添加到环境变量中,将 build/lib 添加到 LD_LIBRARY_PATH ,直接执行这个就可以了:

. build/bin/thisroot.sh

然后可以输入 root ,检查是不是安装正常了,如下图表示成功:

CentOS 7 上CNVnator安装

5、安装 GNU readline library

yum install readline-devel

开始安装CNVnator ,

cd CNVnator_v0.4.1/src

make  如果报错,就执行:make LIBS="-lcrypto"

出现cnvnator 这个可执行文件,说明安装成功啦!

CentOS 7 上CNVnator安装

 

注意:前边编译包的时候可能提示缺少 fftw-devel ,libxml2-devel ,都用 yum 安装即可

参考的其他文章:

http://seqanswers.com/forums/archive/index.php/t-16665.html

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