从总体上讲 /etc/gnome/defaults.list 保存了全局的打开方式
～/.local/share/applications/mimeapps.list 保存了个人的打开方式
当这两个文件不一致时，优先采用局部的个人设置。

比如我想把打开各种文本默认的gedit程序修改为Atom，可以先grep全局的应用打开方式文件/etc/gnome/defaults.list

#grep "gedit" /etc/gnome/defaults.list

结果如下：
application/x-perl=gedit.desktop
text/plain=gedit.desktop
text/x-chdr=gedit.desktop
text/x-csrc=gedit.desktop
text/x-dtd=gedit.desktop
text/x-java=gedit.desktop
text/mathml=gedit.desktop
text/x-python=gedit.desktop
text/x-sql=gedit.desktop

为了有问题可以恢复，我没有修改系统的默认配置，而是在～/.local/share/applications/mimeapps.list中把上面的结果粘贴过来；

然后替换一下gedit就行了：sed -i 's/gedit/atom/g' ～/.local/share/applications/mimeapps.list