import nibabel as nb

# 读取nii文件
nii_img = nb.load('320701join14654.nii')
nii_data = nii_img.get_fdata()
new_data = nii_data.copy()

# 省略一些处理data的骚操作,比如：
# new_data[new_data>0] = 1

# 把仿射矩阵和头文件都存下来
affine = nii_img.affine.copy()
hdr = nii_img.header.copy()

# 形成新的nii文件
new_nii = nb.Nifti1Image(new_data, affine, hdr)

# 保存nii文件，后面的参数是保存的文件名
nb.save(new_nii, 'new_test.nii')