LAMMPS学习系列（2）

初始模拟系统设置
LAMMPS提供的命令有很多，其中经常用于初始模拟系统设置的只有4个，分别为 units, boundary, atom_style, 还有一些比较不常用的（不常用的就是设置为默认值）有dimension，neighbor等
对于units命令，手册的介绍为：



简单来说，units命令是用来定义整个模拟系统中的单位的，举个例子：
units metal
使用这条命令，则计算中一切与时间挂钩的量都是以皮秒为单位；
units real
使用这条命令，则计算中一切与时间挂钩的量都是以飞秒为单位；
units命令使用不当会导致后期数据处理需要进行繁杂的单位换算。所以计算前要思考清楚选取何种单位体系最合适。
对于boundary命令，手册的介绍为：

即boundary命令是用来定义边界条件的，LAMMPS提供了四种边界条件分别为：
p：周期性边界条件
f：非周期性边界条件，采用这种边界条件，当有原子运动到盒子以外的区域时，该原子便会被系统删除。需与
thermo_modify lost ignore 这条命令结合使用。
s：该方向的大小会随着原子的运动而改变（以保证不丢失原子）。
m：该方向的大小会随着原子的运动而改变，但有最小值。
对于atom_style命令，手册的介绍为：


atom_style 这个命令是用来告诉LAMMPS你的模型中有些什么东西比如说原子，键角，电荷之类的，若模型中只有原子：
atom_style atomic （一般金属体系就选这个即可）
若模型中还要考虑键角作用，则：
atom_style angle （可能适合于水分子模型模拟）

LAMMPS在计算各个粒子间作用力时，当两个原子的距离超过截断半径时，它们之间的作用将不被考虑。但是，分子动力学程序在运行时，如果每一步都要判断每个原子的截断半径内有哪些原子，所耗费的计算资源也会随之原子数的增加而指数级增加。为了并行加速计算，LAMMPS构建邻域列表节省原子之间距离的判断的时间。

这个命令一般可以不用设置，即保持默认值即可，体系较大时可以适当与neighbor_modify（定义邻域列表的更新频率）修改参数减少计算量（增大bin的值以及降低更新列表的频率。。）
至于dimension命令，这个很简单，定义模拟体系维度的，一般默认为3维（所以一般不用管），也可以设置为2维。