实例二(1)由于分子动力学的结果一般要经过多次模拟,再进行统计分析,所以为了简化我们交作业时的繁杂过程,在正式介绍实例二之前,这里先介绍一个LAMMPS中常用的循环计算方法(辅助命令variable, clear, jump,next 以及quit命令的结合使用,以之前介绍的弛豫过程为例,in.relax):其中:variable i loop 5表示定义循环5次;variable seed index 666 888 999 1010 555表示seed 可以取的数字,用于更换velocity命令中的随机数;clear表示清除之前的所有定义,避免重复导致的报错;next inext seed表示变量i以及seed的值换为下一个值;jump in.relax表示再次进入in.realx文件重新执行其中命令;quit表示循环结束后退出循环;注:定义的变量i可以用于输出的文件名,来观察不同seed情况下的弛豫情况: dump 1 all custom 100 W.${i}.xyz id type x y z最后可以得到5个体系弛豫的轨迹文件:注:LAMMPS中提供的循环方法不仅能帮助提升交作业的效率,而且能够帮助建立合理的模拟环境~
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