Steps to modify the Java setting (for version 12.1.0.3 and higher) 
$ emctl set property -name -value  
$ emctl stop oms -all 
$ emctl start oms
eg: 
$ emctl set property -name OMS_HEAP_MAX -value 4096M
$ emctl stop oms -all 
$ emctl start oms
Note:   The emctl set property command is not available in versions prior to 12.1.0.3.  
其他地方查询到的方法：  
修改此文件中的上面四个值效果一样 ：   /u01/gc_inst/em/EMGC_OMS1/emgc.properties 
修改12.1.0.3 或之前的OMS1 的JVM大小: 
[oracle@szxcld001 bin]$ pwd
/data01/app/oracle/product/gc_inst/user_projects/domains/GCDomain/bin
[oracle@szxcld001 bin]$ ls -alrt
total 104
drwxr-x---  2 oracle oinstall  4096 Sep 19 10:23 nodemanager
-rwxr-x---  1 oracle oinstall  5698 Sep 19 10:25 startWebLogic.sh
-rwxr-x---  1 oracle oinstall  1990 Sep 19 10:25 stopWebLogic.sh
-rwxr-x---  1 oracle oinstall  3228 Sep 19 10:25 startManagedWebLogic.sh
-rwxr-x---  1 oracle oinstall  2446 Sep 19 10:25 stopManagedWebLogic.sh
-rwxr-x---  1 oracle oinstall 16572 Sep 19 10:25 setDomainEnv.sh
-rwxr-x---  1 oracle oinstall 16572 Nov 26 17:41 setDomainEnv.sh.bak
-rwxr-x---  1 oracle oinstall  5698 Nov 30 08:48 startWebLogic.sh.bak
-rwxr-x---  1 oracle oinstall  6367 Nov 30 10:05 startEMServer.sh.bak
-rwxr-x---  1 oracle oinstall  6370 Nov 30 10:09 startEMServer.sh
[oracle@szxcld001 bin]$ vi   startEMServer.sh
if [ "${SERVER_NAME}" != "EMGC_ADMINSERVER" ] ; then
  USER_MEM_ARGS="-Xms2560M -Xmx2560M -XX:PermSize=256M -XX:MaxPermSize=768M"
  if [ "${JAVA_VENDOR}" = "Sun" ] ; then
    if [ "${PRODUCTION_MODE}" = "" ] ; then
      USER_MEM_ARGS="-Xms2560M -Xmx2560M -XX:PermSize=256M -XX:MaxPermSize=768M -XX:CompileThreshold=8000 -XX:-DoEscapeAnalysis -XX:+UseCodeCacheFlushing -XX:ReservedCodeCacheSize=100M -XX:+UseConcMarkSweepGC -XX:+UseParNewGC -XX:+CMSClassUnloadingEnabled"
    fi
  fi
  export USER_MEM_ARGS
fi

本文转自ITPUB博客tolywang的博客，原文链接：EM 12c 修改 EMGC_OMS1的 java heap size (JVM大小) - 2，如需转载请自行联系原博主。