问题描述,假设有一个application中包含两个activity A和B，此时先打开A 然后按Home键退回到MainHome,在framework中回退mainHome是通过startActivity方式打开mainHome的(我们的android platform是自己定制的，对按键重新设计，可能和原生系统不一样),然后通过一个HotKey(就是一个外设的某一个按键)打开B,打开方式为StartActivity 设置两个Flag 分别是FLAG_ACTIVITY_CLEAR_TOP和FLAG_ACTIVITY_NEW_TASK,此时奇怪的事情就发生了，当B被打开后，我们按back键回退，回退的地方竟然是A 而不是MainHome。如果我们换一种打开B的方式,不设置上面的两个Flag，那么从B就可以正常回退到MainHome，那么问题显然是出在了两个设置标志的地方上。然后翻阅文档和API。
将资料贴上:
FLAG_ACTIVITY_NEW_TASK:
一个Activity一般通过调用startActivity()启动并加入到Task中。它同调用者一样，进入同一个Task。
然而，如果传递给startActivity()的Intent对象中包含FLAG_ACTIVITY_NEW_TASK时，系统会搜索一个新的Task来容纳新的Activity。
通常，如标志的名字所示，是一个新的Task。然而，并不是必须是。如果已经存在一个Task与新Activity的affinity相同，这个Activity就会加入到那个Task中。如果不是，启动一个新的Task。
如果启动它的acitve和新Activity的affinity相同，那么新Activity的会进入启动它的acitve所在的Task.
FLAG_ACTIVITY_CLEAR_TOP:
如果设置，并且这个Activity已经在当前的Task中运行，因此，不再是重新启动一个这个Activity的实例，而是在这个Activity上方的所有Activity都将关闭，然后这个Intent会作为一个新的Intent投递到老的Activity（现在位于顶端）中。
例如，假设一个Task中包含这些Activity：A，B，C，D。如果D调用了startActivity()，并且包含一个指向Activity
B的Intent，那么，C和D都将结束，然后B接收到这个Intent，因此，目前stack的状况是：A，B。
上例中正在运行的Activity
B既可以在onNewIntent()中接收到这个新的Intent，也可以把自己关闭然后重新启动来接收这个Intent。如果它的启动模式声明为“standard”(默认值)，
并且你没有在这个Intent中设置FLAG_ACTIVITY_SINGLE_TOP标志，那么它将关闭然后重新创建；对于其它的启动模式，或者在这个Intent中设置FLAG_ACTIVITY_SINGLE_TOP标志，都将把这个Intent投递到当前这个实例的onNewIntent()中。
这个启动模式还可以与FLAG_ACTIVITY_NEW_TASK结合起来使用：用于启动一个Task中的根Activity，它会把那个Task中任何运行的实例带入前台，然后清除它直到根Activity。这非常有用，例如，当从Notification
Manager处启动一个Activity
也就是说对我们上例启决定性作用的是FLAG_ACTIVITY_NEW_TASK这个flag.
原因是,当我们的打开B时，因为使用了new_task属性，所以系统就会为B寻找一个最具
affinity的activity(也就是A)如果找到了，系统会将此activity(也就是A)设置为前台状态,就是background,然后将B归并到A的Task中去，并且压入顶(如果B之前已经存在于A的Task中那么CLEAR_TOP属性将会把B之上得所有activity清除掉，然后将B压入栈顶).问题分析到这里，应该已经很清楚了，也就是说A和B一定具有相同的affinity,查阅文档发现,因为A和B存在于同一个.apk下也就是同一个package下，所以默认具有相同的affinity.下面贴上affinity的相关文档:
什么是Affinity
在某些情况下，Android需要知道一个Activity属于哪个Task，即使它没有被启动到一个具体的Task里。这是通过任务共用性（Affinities）完成的。任务共用性（Affinities）为这个运行一个或多个Activity的Task提供了一个独特的静态名称，默认的一个活动的任务共用性（Affinity）是实现了该Activity的.apk包的名字。
当开始一个没有Intent.FLAG_ACTIVITY_NEW_TASK标志的Activity时，任务共用性affinities不会影响将会运行该新活动的Task:它总是运行在启动它的Task里。但是，如果使用了NEW_TASK标志，那么共用性（affinity）将被用来判断是否已经存在一个有相同共用性（affinity）的Task。如果是这样，这项Task将被切换到前面而新的Activity会启动于这个Task的顶层。
这种特性在您必须使用NEW_TASK标志的情况下最有用，尤其是从状态栏通知或桌面快捷方式启动活动时。结果是，当用户用这种方式启动您的应用程序时，它的当前Task将被切换到前台，而且想要查看的Activity被放在最上面。
你可以在程序清单（Manifest）文件的应用程序application标签中为.apk包中所有的活动分配你自己的任务共用性Affinites，或者在活动标记中为各个活动进行分配。
在前面的文章“Android四种Activity的加载模式”我们提到：Activity的加载模式受启动Activity的Intent对象中设置的Flag和manifest文件中Activity的<activity>元素的特性值交互控制。
跟Task 有关的manifest文件中Activity的特性值介绍
android:allowTaskReparenting
用来标记Activity能否从启动的Task移动到有着affinity的Task（当这个Task进入到前台时）
“true”，表示能移动，“false”，表示它必须呆在启动时呆在的那个Task里。
如果这个特性没有被设定，设定到<application>元素上的allowTaskReparenting特性的值会应用到Activity上。默认值为“false”。
一般来说，当Activity启动后，它就与启动它的Task关联，并且在那里耗尽它的整个生命周期。当当前的Task不再显示时，你可以使用这个特性来强制Activity移动到有着affinity的Task中。典型用法是：把一个应用程序的Activity移到另一个应用程序的主Task中。
例如，如果email中包含一个web页的链接，点击它就会启动一个Activity来显示这个页面。这个Activity是由Browser应用程序定义的，但是，现在它作为email
Task的一部分。如果它重新宿主到Browser Task里，当Browser下一次进入到前台时，它就能被看见，并且，当email
Task再次进入前台时，就看不到它了。
Actvity的affinity是由taskAffinity特性定义的。Task的affinity是通过读取根Activity的affinity 决定。因此，根Activity总是位于相同affinity的Task里。由于启动模式为“singleTask”和“singleInstance”的Activity只能位于Task的底部，因此，重新宿主只能限于“standard”和“singleTop”模式。
android:alwaysRetainTaskState
用来标记Activity所在的Task的状态是否总是由系统来保持。
“true”，表示总是；“false”，表示在某种情形下允许系统恢复Task到它的初始化状态。默认值是“false”。
这个特性只针对Task的根Activity有意义；对其它Activity来说，忽略之。
一般来说，特定的情形如当用户从主画面重新选择这个Task时，系统会对这个Task进行清理（从stack中删除位于根Activity之上的所有Activivity）。典型的情况，当用户有一段时间没有访问这个Task时也会这么做，例如30分钟。
然而，当这个特性设为“true”时，用户总是能回到这个Task的最新状态，无论他们是如何启动的。这非常有用，例如，像Browser应用程序，这里有很多的状态（例如多个打开的Tab），用户不想丢失这些状态。
所以最终的解决方式就是为B或者A设置不同的affinity这样A 就不会被吸引到background状态了,而B 也会在另外的Task中打开。在B中按back键就会返回到MainHome界面。