气泡图大家平时比较常见,其实就是将数值大小映射到气泡的大小上,使用R语言做气泡图非常的简单,今天我们教大家来学习一下气泡图的R语言画法。
教程讲解
1.加载需要的R包
library(openxlsx) library(tidyverse)
2.数据介绍,就是一般的GO富集分析结果,每一列代表一种类型的数据
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Category包括三个变量,分别是BP,CC,MF,接触过组学的同学都懂
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GOID就是GO术语的ID
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其他列看第一列就明白意思了
3.读取数据
data <- read.xlsx("GO_气泡图.xlsx")
4.使用ggplot2进行作图
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将Category映射到shape,用不同的形状表示不同的生物过程
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将padj映射到colour
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将Count映射到size,更加明显看到节点的大小
ggplot(data,aes(Count,Description, shape=Category, colour=padj, size=Count))+ geom_point()
5.进一步的对图形进行美化
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使用windo