1.下载相关软件，网址：http://www.usadellab.org/cms/index.php?page=trimmomatic，它有源代码和二进制两种文件（建议都下载，然后合并成一个文件，因为里面的文件之间有互补性）

2.解压：unzip trimmomatic.zip 添加至环境变量中 vi ~.bashrc

3.trimmomatic有两种运行模式：paired end 和 single end (具体的区别本人目前还不太清楚？？)

4.paired end模式运行的命令(举例)：

Java -jar trimmomatic.jar PE -phred33 input_forward.fa.gz input_reverse.fa.gz output_forward.paired.fa.gz out_forwad_unpaired.fa.gz out_reverse_paired.fa.gz out_reverse_unpaired.fa.gz ILLUMINACLIP:Truseq3-PE.fa:2:30:10 LEADING:3 TRAILING:3 SLIDINGWINDOW:4:15 MINLEN:36

5.single end模式运行的命令：（举例）

Java -jar trimmomatic.jar SE -phred33 input.fa.gz output.fa.gz -trimlog output.log ILLUMINACLIP:Truseq3-SE.fa:2:30:10 LEADING:3 TRAILING:3 SLIDINGWINDOW:4:15 MINLEN:36

具体的trimmotimac的参数用法：参见网址：http://www.usadellab.org/cms/index.php?page=trimmomatic