图神经网络库介绍
图神经网络库介绍
Deep Graph Library（DGL）
由New York University（NYU）和Amazon Web Services（AWS）联合推出的图神经网络框架。创立之初，本着避免重复造*的原则，DGL基于主流框架进行开发，即框架上的框架。目前，DGL已经支持PyTorch、MXNet和TensorFlow作为其后端。
消息传递是图计算的经典编程模型。DGL采用了基于「消息传递」的编程模型。通过message function和 reduce function，每个节点获得所有邻居节点的特征信息之和，并经过一个非线性函数得到该节点新的表示。
PyTorch Geometric（PyG）
PyG官方链接:
https://pytorch-geometric.readthedocs.io/en/latest/
https://github.com/rusty1s/pytorch_geometric
由德国多特蒙德工业大学研究者推出的基于PyTorch的几何深度学习扩展库。该库已获得Yann LeCun的点赞：“A fast & nice-looking PyTorch library for geometric deep learning。”
在其Github主页上展示的已实现的模型可谓琳琅满目，细数将近五十种。在简单的消息传递API之后，它将大多数近期提出的卷积层和池化层捆绑成一个统一的框架。与此同时，所有已实现方法都支持CPU和GPU计算，在遵循不变的数据流范式的基础上利用专门的CUDA内核实现高性能。此外，它还包含一个易于使用的 mini-batch 加载器、多 GPU 支持、大量通用基准数据集和常用转换等，既可以学习任意图形，也可以学习 3D 网格或点云。
PyG目前支持大量常见基准数据集，它们均可在第一次初始化时自动下载和处理。具体而言，PyG提供60多个 graph kernel 基准数据集 (Kersting et al., 2016)，如 PROTEINS 或 IMDB-BINARY、引用网络数据集 Cora、CiteSeer。此外，PyG还提供嵌入式数据集，如MNIST超像素 (Monti et al., 2017)、COMA (Ranjan et al., 2018)，以及 PCPNet 数据集 (Guerrero et al., 2018)。
所有面向用户的API（如数据加载路径、多GPU支持、数据增强或模型实例化）都借鉴了PyTorch的常用模式，以让用户尽可能地快速熟悉它们。这无疑对于PyTorch用户来说是极大利好。
PyG安装：
- 安装pytorch,Pytorch官网：Pytorch官网，在conda中输入对应的命令进行安装。
2.`安装PyG库：
install pyg -c pyg -c conda-forge`
tf_geometric
受到PyG启发，为GNN创建了TensoFlow版本。同样使用消息传递机制，将会比普通矩阵运算更为高效、比稀疏矩阵更为友好。在其Github开源的demo中，可以看到GAE、GCN、GAT等主流的模型已经实现。与此同时，它还提供了面向对象和函数式API。该框架可能推出时间不长，内容略显单薄，也期待其能推出更多的功能与模型支持。
Ant Graph machine Learning system（AGL）
由阿里的蚂蚁金服团队推出的大规模图机器学习系统。在具有六十亿节点、三千亿边的网络中，训练两层GAT耗费14小时，完成整个图的推断需要1.2小时。
上面提到的DGL与PyG均是在单机系统下处理工业规模级的图。该系统在单机情况下已经成功加速了GNN的训练，并且在实际产品场景中使用CPU集群得到了近乎线性的提升。
AGL使用了大规模并行框架（如MapReduce、Parameter Server）来设计其分布式组件，GraphFlat、GraphTrainer和GraphInfer。同样使用消息传递机制，在GraphFlat组件中，通过聚合K跳邻居的节点信息来生成目标节点的表示。通过邻居聚合，将大规模的图进行分解，每次导入一个或者批量的点来缓解内存的压力。由于聚合的邻居信息提供了充分的信息量，所以节点之间相互独立。即在GraphTrainer中，每一个worker只需处理自己的部分，所以不再需要额外的通信开销。除此之外，训练过程还包括许多优化来提高训练效率，如训练管道、网络剪枝、边的分割等。在推断阶段，GraphInfer提供了一种分层模型切片，利用MapReduce管道以从较低层推断到较高层。具体来说，第k层的Reduce阶段载入第k层的模型切片，合并上一层的聚合in-edge邻居的embedding从而生成第k层的embedding，然后将这些中间embedding通过out-edge传到目标节点，为下一Reduce阶段做好准备。