R function notes

2023-10-19 16:09:46

Tidyverse
- dplyr
- ggplot2
gganimate
knitr & kableExtra
基础包们
moderndive
infer
janitor
sjPlot
GGally
MASS
plotly
broom
ellipse

Tidyverse

dplyr

glimpse(data)
查看数据变量类型及前几个值

summarize(data, Variable = function(data, na.rm = TRUE))
总结数据，可用向量到单值的函数

gather(data, key = Key, value = Value)
使原变量名成为新变量Key的一列值，原变量的观测值成为新变量Value的一列值

spread(data, key = Key, value = Value)
与gather作用相反

filter(data, conditions of variables)
选出符合条件的观测值行, 多个条件逗号隔开

group_by(data, categorical variables)
观测值按分类变量成组，分类变量逗号隔开

ungroup(data)
干死上面的那个函数

mutate(data, Variable = blabla)
给数据添加新变量列

rename(data, Variable = variable)
给变量重命名

arrange(data, variable)
按变量升序排列观测值

arrange(data, desc(variable))
按变量降序排列观测值

inner_join(data1, data2, by = c("variable1" = "variable2"))
按变量合并数据，合成后只剩共有的，可以按多个变量合并

select(data, variables)
选出变量列，多个变量逗号隔开，可以使用variable1:variable2，everything()，start_with("a")，end_with("sth")，contains("sth")

select(data, -variable)
去除变量列

top_n(data, n = number, wt = variable)
列出按某变量最高的n行观测值

pull(data)
从数据框搞一个值出来，用在只有一个变量一个观测值的summarize()函数后面貌似很爽的样子

sample_n(data, replace = TRUE, size = number)
有放回地抽取一个样本容量是size的样本，和rep_sample_n(size = number, replace = TRUE, reps = 1)一个效果，结果中没有replicate这一列了

bind_rows(data1, data2, .id = Variable)
像rbind(),但能作用于数据框

ggplot2

ggplot(data, mapping = aes(x = variable1, y = variable2))
设置绘图区域

geom_point(aes(alpha = number, color, fill, shape, size))
散点图。alpha透明度

geom_jitter(aes(width = number, height = number))
抖动的散点图

geom_smooth(method = lm/glm/.../c(...), se = T/F)
介绍写的是在过度绘图的情况下帮助眼睛看到图案。我觉得就是加拟合的线。se是是否显示置信区间

geom_hline(yintercept = number,color , size = number)
直线

geom_line(data, aes(), size = 1)

geom_histogram(bins = number, binwidth = number, color = "white")
直方图。参数分别是条的数量，条的宽度，条的边界颜色

geom_boxplot(fill = "color")

scale_x_discrete(labels = c( ))
x轴的标签

geom_col(position = "dodge")
条形图，根据分类变量分割条形图在ggplot里aes里加fill = variable，dodge使分割的不堆叠

facet_wrap(~variable, ncol = number)
用在geom_col()后，使分类变量不同类各一个条形图, ncol确定图的列数

geom_line()
折线图

labs(x = "xlab", y = "ylab", title = "your title")
标签

theme(legend.position = "none"/"left"/"right"/"bottom"/"top")
修改各种非数据的图形部分，lengend.position是图例位置

gganimate

Plot + transition_time(Time) +
labs(title = "Time:{frame_time}")
按时间变化的动图

knitr & kableExtra

kable(data, col.names = c("Name1", "Name2", ...), caption, booktabs = T/F, format = "latex")

kable_styling(font_size = number)

基础包们

skim(data)
行数，列数，变量种类
连续型变量：缺失值，平均值，标准差，分位数，直方图
分类型变量：缺失值，是否排序，变量种类，变量计数

gsub(a,b,c）
将字符串c中的a字符用b字符进行替换

cor(data)
协方差矩阵

lm(Y ~ X1 + X2, data)

glm(fomula, data, family= binomial(link = "logit"))

coef(model)
从模型中提取系数，貌似要用summary()后面，反正glm要

levels(Variables)
查看因子型变量水平

predict(model, type)
计算模型的拟合值，我不知道，glm是搞出$log( \frac{p} {1-p})$

fitted(model)
glm来说就是直接搞出$p$

plogis(value)
plogis($log( \frac{p} {1-p})$) = $p$

moderndive

get_regression_table(model)
结果有估计值，估计值的标准差，检验统计量，p值，置信区间

get_regression_points(model)
结果有ID，$Y$，$X_1$，$X_2$，...，$\hat{Y}$，$\epsilon$

get_correlation(formula = Y ~ X)
相关系数

model.matrix(model)
线性模型的design matrix

infer

[外链图片转存中...(img-N2WRnknG-1600870562542)]

rep_sample_n(data, size = number, replace = TRUE, reps = number)
size是bootstrap样本的大小，与原样本应一致；reps是重复抽取bootstrap样本的次数

specify(data, Y ~ X1 + X2/NULL, success = "A")
确定分析的响应变量和解释变量, success是给比例情况用的,算“A”的比例

generate(data, reps = number, type = "bootstrap" / "permute" / "simulate")
reps是重复抽取样本的次数，即产生了reps个样本容量和原样本一样的样本，然后可以直接calculate不用group_by

calculate(data, stat = c("mean", "median", "sum", "sd", "prop", "count", "diff in means", "diff in medians", "diff in props", "Chisq", "F","slope", "correlation", "t", "z"), order = c("A", "B"), ...)
就infer包的summarize，order决定解释变量中因子的顺序，推断两类中的差或比或t、z统计量时用，...可以传递na.rm之类的参数给mean()之类的

visualize(data, bins = number, obs_stat = x_bar, endpoints = percentile_ci, direction = "between")
就直方图，bins确定条的数量，x_bar是原样本分布的均值（针对要估计的是均值），可以再用summarize算一算bootstrap分布的均值，endpoints和direction用来画区间

get_ci(data, level = 0.95, type = "percentile", point_estimate = NULL)
get_ci(type = "se", point_estimate = x_bar)
算置信区间

janitor

tabyl(data, variable1, variable2, variable3, ...)
就像table()

adorn_percentages(table, denominator = "row"/"col"/"all", na.rm = T/F)
搞表格的百分比

adorn_pct_formatting(table, digits = number, rounding = "half to even"/"half up", affix_sign = T/F)
把搞好的百分比搞得能看，digits表示保留小数位数（默认1），rounding表示小数取舍方法，affix_sign表示是否加百分号

adorn_ns(table, position = "rear"/"front")
在搞好的百分比后或前加原始计数

sjPlot

plot_model(model, type, show.values = T/F, transform = NULL, title, show.p = F)
show.values表示log-odds/odds值是否显示，
show.p表示是否在显著值上标星号，transform表示确定估计运用的函数的字符型向量，默认指数，NULL则是对数，
vline.color垂直的零影响的线的颜色