用GATK跑了很久的流程，但还是不知道它的原理，现在项目要深入，没有流程可用，一切都要手动，所以必须开始着手了解GATK运行的原理，必须要知道需要输入什么，基本的算法，输出是什么。

参见：

GATK使用(一)

【原创】GATK使用方法详解（包含bwa使用）第一部分