Bedtools 是一个很好的用来处理区间的工具，很多时候用这个底层语言编写的小工具比自己写的脚本运行快很多，但是这个工具中的某些功能对输入文件有一定的要求，比如说里面的一个merge函数，这是里面的一个note：

Note：

bedtools merge requires that you presort your data by chromosome and then by start position (e.g., sort -k1,1 -k2,2n in.bed > in.sorted.bed for BED files).

　　刚开始看不懂这些参数是什么意思，后来查了一下资料，这里记录下来，方便以后查阅。

　　

　　这个命令这样写也许看的更清楚些： sort -k 1,1 -k 2,2n input.bed > input_sorted.bed

　　主要有两个参数 -n 和 -k；

　　其中 -n 的意思是按照数值大小排序。（-n 参数在 2,2 后面， 它仅对第二列有效）

　　其中 -k 的意思是指定排序的列（域），比如说 -k 1,1  表示仅仅对第一列有效， -k 2,2n 表示仅仅对第二列按照数字排序

　　其中 -t 的意思是指定行分隔符， 这里应该是 -t $'\t', 因为默认的也是， 所以可以省略。