先遍历每一行，判断checkBox是否选中，再获取选中行的主键Id  删除就行了 ,,,
foreach(DatalistRow  rowview in Datalist.Rows)      //遍历Datalist中的每一行 
{
//假设你的Datalist中的复选框放在第一列，id是“CheckBox1”
    CheckBox check = （CheckBox）rowview.Cells[0].FindControl("CheckBox1");//找到了checkbox控件

   if(check.Checked)//如果被选中

   {
    ...
       //假设你把每一行的id放在第二列
       string myid = rowview.Cells[1].text;//这就是所在行的id，赋值给了myid
....//作删除操作
   }

}