在shell下输入mysql -uroot -p是可以登录的，所以问题应该是mysql不允许root用户远程登录的问题，于是通过输入下面命令：
- GRANT ALL PRIVILEGES ON *.* TO root@"%" IDENTIFIED BY 'password' WITH GRANT OPTION;
重启mysql后，发现还是连不上，于是想到是不是防火墙（ufw）或是iptables禁用了3306端口。通过service iptables stop和ufw status，查看发现并不是防火墙或iptables的问题，而且通过netstat可以看到3306端口处于监听状态。
排除了以上因素之后，又google了下，发现问题出现mysql的配置文件my.cnf中，通过如下修改，重启mysql后，成功远程登录，opennebula成功连上mysql数据库。
- sudo vim /etc/mysql/my.cnf
- //找到如下内容，并注释
- bind-address = 127.0.0.1
注释掉 bind-address = 127.0.0.1 后重启mysql（service mysql restart）即可！