本周最新文献速递20210718
一、精细解读文献 一
文献题目： Tissue-specific 5-hydroxymethylcytosine landscape of the human genome
不想看英文题目： 人类基因组的组织特异性 5-羟甲基胞嘧啶景观
杂志和影响因子： Nat Commun (IF: 12.121; Q1)
研究意义： 5-羟甲基胞嘧啶 (5hmC) 是一种重要的表观遗传修饰，在各种生物学过程中起着重要作用，包括转座子沉默、基因表达调控、基因组印记和X-染色体失活等。绘制人体组织中 5hmC 图谱有助于了解其调控机制。
结论：
1）通过 hmC-CATCH 测序方法生成了 19 种人体组织类型的 5hmC 全基因组数据，数据包括 6 个中国捐赠者（3 名男性 、3 名女性）的 60 个组织样本；
2）产生了 721,404 个可重复的 5hmC 峰，9,416,937 个可重复的 5hmC 位点，峰和位点大部分位于内含子和基因间隔区；
3）分析 5hmC 在不同调控区域的 motif，发现 5hmC motif 呈现规律性的 “CAhmCGT” 模式，与 ARNT 的 motif 接近，揭示 5hmC 可能影响 ARNT 在基因组的结合率，有文献报道食管癌患者的 ARNT 结合motif后 会使得 5hmC 信号丢失；
4）对人体组织中的 5hmC 水平和基因表达进行皮尔森相关性分析，发现基因的表达水平和 5hmC 水平显著正相关，且大多数基因为组织特异性表达，但 5mC 与组织特异性基因的表达水平则无显著相关，说明 5hmC 不仅与基因表达密切相关，并且可能维持组织特异性的功能；
5）为了进一步阐明 5hmC 维持组织特异性可能的调控机制，作者鉴定了一系列具有组织特异性的 5hmC 峰，表现为在不同组织中呈现差异高羟甲基化，并将该区域命名为组织特异性差异羟甲基化区域（tsDhMRs）， 大部分 tsDhMRs 位于内含子和远端区域，且在进化上更为保守，说明 tsDhMRs 属于一种重要的调控元件；
6）探究 tsDhMRs 潜在的转录因子结合位点 (TFBS)，发现超过一半的 tsDhMR 与至少一个 TFBS 重叠，且重叠的 TFBSs 多为组织特异性；
7）结合GWAS结果，发现 tsDhMRs 区域富含 GWAS 发现的显著信号位点，且与 eQTL SNP 高度重合，说明 tsDhMR 有助于理解 GWAS 发现的 SNP 功能；
亮点： 鉴定了数十万个 5hmC 峰和数百万个 5hmC 位点，远远超越之前报道的数量；
局限： 大方向上观察到 tsDhMRs 区域与 eQTL 位点（或GWAS 信号位点）高度重合，但文章没有进一步解释 eQTL（或GWAS信号位点） 与 5hmC 是如何一起影响基因表达（或表型）？
文章链接：
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34253716/
doi: 10.1038/s41467-021-24425-w
公开的资料：
Sequencing data：
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE134078
BS-seq：
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE119981
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE112356
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE59395
ChIP-seq data：
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE59395
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE16256
DNase-seq：
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE18927
Code:
https://github.com/herb-BO/hmC_CATCH
二、精细解读文献 二
文献题目： Discovery and prioritization of variants and genes for kidney function in >1.2 million individuals
不想看英文题目： 在超过 120 万人的队列中发现和优化肾功能相关的变异位点和基因
杂志和影响因子： Nat Commun (IF: 12.121; Q1)
研究意义： 慢性肾病 (CKD) 在发达国家成年人口中患病率超过 10%，为全球发病率和死亡率主因。CKD 的临床表现为肾小球滤过率（GFR ）降低，其可用血清肌酐水平进行估计。据报道，基于血清肌酐的肾小球滤过率 (eGFRcrea) 遗传度高达54%，但缺乏大规模队列对其调控下的慢性肾病进行研究。
结论：
1）总共纳入了 1,201,909 个人，对 eGFRcrea 表型进行荟萃分析，鉴定了424 个相关的基因座，其中 201 个为新基因座，223 个是已知的；
2） 82% 的 eGFRcrea 基因座与多种肾功能标志物显著相关，比如血清胱抑素 C (eGFRcys)、血尿素氮 (BUN)，说明 eGFRcrea 鉴定的基因座可很好表征肾功能；
3）使用 GCTA 进行条件分析，发现了 634 个独立信号；
4）为了缩小关联信号的范围，对每个信号的后验概率 (PPA)进行计算，并构建 99% 可信集。 在 634 个独立信号中， 138 个位于 99% 可信集中，其中 30 个被映射到新基因座上；
5）对99%可信集的变异位点进行 cis -eQLT/sQTL 共定位并映射到基因上，总共产生 5906 个基因，结合CADD 得分、肾功能注释数据库（MGI小鼠数据库、OMIM数据库）等对 5906 个基因进行优先排序（GPS）后，产生了32个与肾功能高度相关的基因；
6）使用 LDSC-SEG 对 5906 个基因的细胞类型和组织特异性进行鉴定，发现主要富集在肾脏和肌肉中，与之前文献报道的一致；
亮点：
使用 eGFRcys/BUN 关联结果侧面验证 eGFRcrea 结果的可靠性；
文章链接：
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34272381/
doi: 10.1038/s41467-021-24491-0
公开的资料：
log(eGFRcrea), log(eGFRcys), log(BUN) gwas summary 数据：
http://www.genepi-regensburg.de/ckd
https://ckdgen.imbi.uni-freiburg.de/
https://ckdgen.imbi.uni-freiburg.de/
GPS基因：
http://www.genepi-regensburg.de/ckd
三、其他文献推荐
下面的文献也挺精彩的，但由于下不到原文，或博主时间有限，没法精细解读，故列出来供各位参阅；
当然，你们有精彩的文献想让我解读的（前提是一周内刚出炉的文献），可给我发pdf（然而可能种种原因，我不一定有时间解读，不要对我抱太高期待）；
文献题目： Senolytics reduce coronavirus-related mortality in old mice
不想看英文题目： Senolytics 降低老年小鼠与冠状病毒相关的死亡率
杂志和影响因子： Science (IF: 41.845; Q1)
文章链接：
https://science.sciencemag.org/content/373/6552/eabe4832
文献题目： Highly accurate protein structure prediction with AlphaFold
不想看英文题目： 使用 AlphaFold 进行高精度蛋白质结构预测
杂志和影响因子： Nature (IF: 42.778; Q1)
文章链接：
https://www.nature.com/articles/s41586-021-03819-2
文献题目： The chromatin, topological and regulatory properties of pluripotency-associated poised enhancers are conserved in vivo
不想看英文题目： 多能静态增强子的染色质、拓扑和调控特性在体内是保守的
杂志和影响因子： Nat Commun (IF: 12.121; Q1)
文章链接：
https://www.nature.com/articles/s41467-021-24641-4
文献题目： Profiling variable-number tandem repeat variation across populations using repeat-pangenome graphs
不想看英文题目： 使用重复泛基因组分析不同群体的可变数目串联重复变异
杂志和影响因子： Nat Commun (IF: 12.121; Q1)
文章链接：
https://www.nature.com/articles/s41467-021-24378-0
四、工具或资源类介绍
文献题目： Si-C is a method for inferring super-resolution intact genome structure from single-cell Hi-C data
不想看英文题目： Si-C：从单细胞 Hi-C 数据推断超分辨率完整基因组结构
杂志和影响因子： Nat Commun (IF: 12.121; Q1)
文章链接：
https://www.nature.com/articles/s41467-021-24662-z
文献题目： RoboCOP: jointly computing chromatin occupancy profiles for numerous factors from chromatin accessibility data
不想看英文题目： RoboCOP：从染色质可及性数据中联合计算多因素下的染色质占用率
杂志和影响因子： Nucleic Acids Res (IF: 11.501; Q1)
文章链接：
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34255854/
文献题目： quincunx: an R package to query, download and wrangle PGS Catalog data
不想看英文题目： quincunx：查询、下载和处理多基因评分 (PGS)目录数据的 R 包
杂志和影响因子： Bioinformatics (IF: 5.61; Q1)
网站： https://github.com/maialab/quincunx
文章链接：
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34270693/
文献题目： LINADMIX: Evaluating the effect of ancient admixture events on modern populations
不想看英文题目： LINADMIX：评估古代混合事件对现代人群的影响
网站： https://github.com/swidler/linadmix
杂志和影响因子： Bioinformatics (IF: 5.61; Q1)
文章链接：
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34270685/
致谢橙子牛奶糖（陈文燕），请用参考模版：We thank the blogger (orange_milk_sugar, Wenyan Chen) for XXX
感谢小可爱们多年来的陪伴， 我与你们一起成长~