实现效果演示
unity中：

网页中：

1.创建.jslib文件，文件内容如下：

var LibraryGLClear = {
    glClear: function(mask)
    {
        if (mask == 0x00004000)
        {
            var v = GLctx.getParameter(GLctx.COLOR_WRITEMASK);
            if (!v[0] && !v[1] && !v[2] && v[3])
                // We are trying to clear alpha only -- skip.
                return;
        }
        GLctx.clear(mask);
    }
};
mergeInto(LibraryManager.library, LibraryGLClear); 

注意 Mac系统中，文本文档编码问题，可能会导致修改后缀之后乱码。
命名随意，放在Asset文件夹下任意位置，

文件链接: https://pan.baidu.com/s/1j8LFBHwbPCDhgIzOBOr0Ww 密码:6f7l

2.修改Camera相机参数

修改Clear Flags 为Solid Color

Background 中 Alpha值为0。

3.打包。

经测试，并不需要修改打包设置，默认即可。

4.修改Build文件夹下的json文件

将 “backgroundColor”: 的参数修改为"transparent",

完整代码

{
"companyName": "DefaultCompany",
"productName": "NewTM",
"dataUrl": "newtm.data.unityweb",
"wasmCodeUrl": "newtm.wasm.code.unityweb",
"wasmFrameworkUrl": "newtm.wasm.framework.unityweb",
"TOTAL_MEMORY": 268435456,
"graphicsAPI": ["WebGL 2.0", "WebGL 1.0"],
"webglContextAttributes": {"preserveDrawingBuffer": false},
"splashScreenStyle": "Dark",
"backgroundColor": "transparent",	
"cacheControl": {"default": "must-revalidate"}
}

5.打开index.html查看效果即可

说明：本项目使用的Unity版本为2018.4.2f1。

.jslib文件链接:https://pan.baidu.com/s/1j8LFBHwbPCDhgIzOBOr0Ww 密码:6f7l

项目和Demo链接：https://download.csdn.net/download/boyZhenGui/12330739

积分不够的朋友可以私信我。

如果对你有帮助，可以给我点个赞，收藏一下，谢谢。

参考资料：
https://support.unity3d.com/hc/en-us/articles/208892946-How-can-I-make-the-canvas-transparent-on-WebGL-?_ga=2.179246048.597631836.1586496094-324193956.1586496094

https://forum.unity.com/threads/webgl-transparent-background.284699/?_ga=2.210898705.524976980.1586484471-1016004096.1586484471

主要是这篇帖子中chitzui的回答，不过经测试，并不需要修改打包参数，也可以完成背景透明化。
https://forum.unity.com/threads/webgl-with-transparency-on-the-cavas.327425/?_ga=2.34395042.2038369983.1586999210-215010673.1586999210