gmt文件定义

gmt格式是多列注释文件，列与列之间都是TAB分割。

• 第1列： 是基因所属基因集的名字，可以是通路名字，也可以是自己定义的任何名字。
• 第2列 ：官方提供的格式是URL，可以是任意字符串。
• 第3列-第n列： 后面是基因集内基因的名字，有几个写几列。

library(clusterProfiler)
data(gcSample) #加载gcSample数据集

#第一列用X1-X8，第二列无内容用‘NA’代替，第三列-第N列为基因的entrenz id
#文件以制表符分隔开
get_gmt <- function(gcSample,filename){
  output <- file(filename, open="wt")
  for (name in names(gcSample)) {
    outlines = paste0(c(name, "NA", gcSample[[name]]),collapse='\t')
    writeLines(outlines, con=output)
  }
  close(output) 
}
#第一个参数传入gcSample数据集,第二个参数为输出的文件名
get_gmt(gcSample,"gcSample.gmt")

参考

https://www.dxy.cn/bbs/newweb/pc/post/41921535