shell脚本在linux中应用广泛，之前一直选用python写脚本来进行一些文件操作，但是最后发现shell脚本非常方便，所以特意来学习下皮毛，便于提高自己效率

• 定义变量

•  1 country="China"
  
   2 Number=100
  
   3
  
   4 ##注意
  
   5 ##变量名和等号之间不能有空格
  
   6
  
   7 ##若有调用变量，则加$即可，可perl一样
  
   8
  
   9 ## 输出 country, 用echo即可
  
  10 echo $country

• 字符串

•  1 ## 单引号
  
   2 # 单引号里的任何字符都会原样输出，单引号字符串中的变量是无效的；
  
   3 # 单引号字串中不能出现单引号（对单引号使用转义符后也不行）。
  
   4
  
   5 ## 双引号
  
   6 # 双引号里可以有变量
  
   7 country="China"
  
   8 echo "hello, $country"
  
   9 # 双引号里可以出现转义字符
  
  10
  
  11 ## 提取字符串长度，#号即可
  
  12 string="abcd"
  
  13 echo ${#string} #输出 4
  
  14
  
  15 ## 提取子字符串； string
  
  16 string="alibaba is a great company"
  
  17 echo ${string:1:4} #输出liba
  
  18
  
  19 ## 查找子字符串； index
  
  20 string="alibaba is a great company"
  
  21 echo `expr index "$string" is`

• 处理路径的字符串

•  1 ## 获取文件名; basename
  
   2 basename /home/xiaoming/1.txt
  
   3 结果 1.txt
  
   4
  
   5 ## 获取多个路径，参数-a
  
   6 basename -a /home/xiaoming/1.txt  /home/ye/2.txt
  
   7 结果：1.txt
  
   8          2.txt
  
   9
  
  10 ## 去掉文件名的后缀，参数 -s
  
  11 basename -s .txt /home/xiaoming/1.txt
  
  12 结果：1
  
  13
  
  14 ## 获取路径 dirname
  
  15 dirname /home/xiaoming/1.txt
  
  16 结果：/home/xiaoming

• if语句

•  1 a=10
  
   2 b=20
  
   3 if [ $a == $b ]
  
   4 then
  
   5    echo "a is equal to b"
  
   6 else
  
   7    echo "a is not equal to b"
  
   8 fi
  
   9
  
  10 ## 也可以一行表示，一行则需要添加分号 ；
  
  11 if test $[2*3] -eq $[1+5]; then echo 'The two numbers are equal!'; fi;

• for循环

•  1 ## 显示主目录下以 .bash 开头的文件
  
   2 #!/bin/bash
  
   3 for FILE in $HOME/.bash*
  
   4 do
  
   5    echo $FILE
  
   6 done
  
   7
  
   8
  
   9 ## 读取文件含有fq的文件，并对其进行压缩; linux中用grep等
  
  10 for file in $(ls |grep fq)
  
  11 do
  
  12    bgzip -f $file
  
  13 done
  
  14
  
  15 ## 读取reads，进行hisat2比对
  
  16 for ((i=56;i<=58;i++));do hisat2 -t -x genome -1 SRR35899${i}.sra_1.fastq.gz -2 SRR35899${i}.sra_2.fastq.gz -S SRR35899${i}.sam ;done

持续学习！！

参考

linux下的shell脚本（基本）