<plugin>

            <groupId>org.apache.maven.plugins</groupId>

            <artifactId>maven-dependency-plugin</artifactId>

            <executions>

                <execution>

                    <id>copy-dependencies</id>

                    <phase>prepare-package</phase>

                    <goals>

                        <goal>copy-dependencies</goal>

                    </goals>

                    <configuration>

                        <outputDirectory>${project.build.directory}/lib</outputDirectory>

                        <overWriteReleases>false</overWriteReleases>

                        <overWriteSnapshots>false</overWriteSnapshots>

                        <overWriteIfNewer>true</overWriteIfNewer>

                    </configuration>

                </execution>

            </executions>

        </plugin>

        <plugin>

            <groupId>org.apache.maven.plugins</groupId>

            <artifactId>maven-jar-plugin</artifactId>

            <configuration>

                <archive>

                    <manifest>

                        <addClasspath>true</addClasspath>

                        <classpathPrefix>lib/</classpathPrefix>

                        <mainClass>theMainClass</mainClass>

                    </manifest>

                </archive>

            </configuration>

        </plugin>

Alternatively use "${project.build.directory}/classes/lib" as OutputDirectory to integrate all jar-files into the main jar, but then you will need to add custom classloading code to load the jars.

如上，上面可以将依赖的jar包copy到 target下面的 lib/ 目录下。然后生成jar包。
注意一点是，你的jar包只是包含你自己的代码，并不会把lib/目录下的jar一起打进你的jar中去。 
这个时候，你可以执行 java -jar  theMainClass  来运行你的程序。

如果你想把所有的依赖jar都打包到你的jar里面去，成为单个jar。
那么你可以将 dependency-plugin 的output设置为 "${project.build.directory}/classes/lib"
这样就可以打成单个jar包了。
但是，这个时候，你执行 java -jar  theMainClass  来运行的话，是运行不了的哦。会报ClassNotFound。
至于原因见下面：

你是否在使用java -jar参数运行打包好的jar应用程序的时候发现应用程序无法找到classpath下设置好的第三方类库的内容？无论怎么设置classpath参数都无济于事，总是会报ClassNotFound的错误？那么本篇帖子可以帮助你摆脱烦恼 :)
当 用java -jar yourJarExe.jar来运行一个经过打包的应用程序的时候，你会发现如何设置-classpath参数应用程序都找不到相应的第三方类，报 ClassNotFound错误。实际上这是由于当使用-jar参数运行的时候，java VM会屏蔽所有的外部classpath,而只以本身yourJarExe.jar的内部class作为类的寻找范围。
via: http://hi.baidu.com/daniel_tu/item/12e5434215c4052310ee1e8e
至于解决办法，上面的文章中有提到。个人觉得较好的是写个自定义的classLoader，来加载jar包内部的lib/目录下的class。

至此，
1).你通过maven来打一个可执行的jar包，要么选择不要把依赖jar包打到一起，而选择放在jar包外面的 lib/目录下。这样是可以的。
2).你也可以把依赖jar打到jar包内部，成为单个jar，是可以做到的，但通过java -jar方式执行会找不到类，需要自定义classLoader.

介绍第三种思路，允许打单独jar包，同时也可以通过 java -jar 来执行。
这种思路是将所有的依赖jar包解压开来变成class，打进我们的jar包里面去。POM如下：

 <plugin>
	<artifactId>maven-jar-plugin</artifactId>
	<version>2.3</version>
	<configuration>
		<archive>
			<manifest>
				<addClasspath>true</addClasspath>
				<mainClass>theMainClass</mainClass>
			</manifest>
		</archive>
	</configuration>
</plugin>
<plugin>
	<groupId>org.apache.maven.plugins</groupId>
	<artifactId>maven-dependency-plugin</artifactId>
	<version>2.7</version>
	<executions>
		<execution>
			<id>unpack-dependencies</id>
			<phase>prepare-package</phase>
			<goals>
				<goal>unpack-dependencies</goal>
			</goals>
			<configuration>
				<outputDirectory>${project.build.directory}/classes</outputDirectory>
				<overWriteReleases>false</overWriteReleases>
				<overWriteSnapshots>true</overWriteSnapshots>
			</configuration>
		</execution>
	</executions>
</plugin>

第四种，那就考虑maven的其他插件（而不限于dependency, jar），如：assembly, shade.
这两种试了一下，打出来的可执行jar包，跟上面的unpack方式是一样的，全是把classes解开来。这里分别附上POM，用哪种都可以。

<plugin>
<groupId>org.apache.maven.plugins</groupId>
<artifactId>maven-shade-plugin</artifactId>
<version>2.0</version>
<executions>
<execution>
<phase>package</phase>
<goals>
<goal>shade</goal>
</goals>
<configuration>
<transformers>
<transformer
implementation="org.apache.maven.plugins.shade.resource.ManifestResourceTransformer">
<mainClass>com.hgst.checkalertgroup.App</mainClass>
</transformer>
</transformers>
</configuration>
</execution>
</executions>
</plugin>

或者，shade，配置如下：

<plugin>
<artifactId>maven-assembly-plugin</artifactId>
<version>2.4</version>
<configuration>
<descriptorRefs>
<descriptorRef>jar-with-dependencies</descriptorRef>
</descriptorRefs>
<archive>
<manifest>
<mainClass>com.hgst.checkalertgroup.App</mainClass>
</manifest>
</archive>
</configuration>
</plugin>