From : http://blog.csdn.net/houqd2012/article/details/8219199

最近想使用PHP与Sheel进行交互。PHP控制显示和高层的逻辑结构。Sheel调用linux的底层命令来实现快速及其时效性。 
在网翻了一些帖子，发现一份强帖..

由于PHP基本是用于WEB程序开发的，所以安全性成了人们考虑的一个重要方面。于是PHP的设计者们给PHP加了一个门：安全模式。如果运行在安全模式下，那么PHP脚本中将受到如下四个方面的限制：

1.执行外部命令  2.在打开文件时有些限制  3.连接MySQL数据库  4.基于HTTP的认证

在安全模式下，只有在特定目录中的外部程序才可以被执行，对其它程序的调用将被拒绝。这个目录可以在php.ini文件中用 safe_mode_exec_dir指令，或在编译PHP是加上--with-exec-dir选项来指定，默认是/usr/local/php /bin。

如果你调用一个应该可以输出结果的外部命令（意思是PHP脚本没有错误），得到的却是一片空白，那么很可能你的网管已经把PHP运行在安全模式下了。

如何做？

在PHP中调用外部命令，可以用如下三种方法来实现：

1） 用PHP提供的专门函数

PHP提供共了3个专门的执行外部命令的函数：system()，exec()，passthru()。

system()

原型：string system (string command [, int return_var])

system()函数很其它语言中的差不多，它执行给定的命令，输出和返回结果。第二个参数是可选的，用来得到命令执行后的状态码。

例子：

system("/usr/local/bin/webalizer/webalizer"); 
?>

exec()

原型：string exec (string command [, string array [, int return_var]])

exec() 函数与system()类似，也执行给定的命令，但不输出结果，而是返回结果的最后一行。虽然它只返回命令结果的最后一行，但用第二个参数array可以得到完整的结果，方法是把结果逐行追加到array的结尾处。所以如果array不是空的，在调用之前最好用unset()最它清掉。只有指定了第二个参数时，才可以用第三个参数，用来取得命令执行的状态码。

例子：

exec("/bin/ls -l"); 
exec("/bin/ls -l", $res); 
#$res是一个数据，每个元素代表结果的一行 
exec("/bin/ls -l", $res, $rc); 
#$rc的值是命令/bin/ls -l的状态码。成功的情况下通常是0 
?>

passthru()

原型：void passthru (string command [, int return_var])

passthru() 只调用命令，不返回任何结果，但把命令的运行结果原样地直接输出到标准输出设备上。所以passthru()函数经常用来调用象pbmplus（Unix 下的一个处理图片的工具，输出二进制的原始图片的流）这样的程序。同样它也可以得到命令执行的状态码。

例子：

header("Content-type: image/gif"); 
passthru("./ppmtogif hunte.ppm"); 
?>

https://www.google.com.hk/search?q=shell+php%E4%BA%A4%E4%BA%92&oq=shell+php%E4%BA%A4%E4%BA%92&aqs=chrome..69i57.13494j0j8&sourceid=chrome&espv=210&es_sm=93&ie=UTF-8