一，一段代码就可以解决问题，这段代码应该放在app.js中：

//ionic点击系统返回键退出APP
.run(function ($rootScope, $ionicPlatform, $state, $ionicHistory, $ionicPopup, $cordovaKeyboard, $timeout) {
  window.addEventListener('native.keyboardhide', function (e) {
    cordova.plugins.Keyboard.isVisible = true;
    $timeout(function () {
      cordova.plugins.Keyboard.isVisible = false;
    }, 100);

  });
  $ionicPlatform.registerBackButtonAction(function (e) {
    //阻止默认的行为
    e.preventDefault();
    // 退出提示框
    function showConfirm() {
      var servicePopup = $ionicPopup.show({
        title: '提示',
        subTitle: '你确定要退出应用吗？',
        scope: $rootScope,
        buttons: [
          {
            text: '取消',
            type: 'button-clear button-calm',
            onTap: function () {
              return 'cancel';
            }
          },
          {
            text: '确认',
            type: 'button-clear button-calm border-left',
            onTap: function (e) {
              return 'active';
            }
          }
        ]
      });
      servicePopup.then(function (res) {
        if (res == 'active') {
          // 退出app
          ionic.Platform.exitApp();
        }
      });
    }
    // 判断当前路由是否为各个导航栏的首页，是的话则显示提示框
    var current_state_name = $state.current.name;
    if ($cordovaKeyboard.isVisible()) {
      $cordovaKeyboard.close();
    } else {
      if (current_state_name == 'login' || current_state_name == 'tab.dash' || current_state_name == 'tab.positons' || current_state_name == 'tab.account') {
        showConfirm();
      } else if ($ionicHistory.backView()) {
        $ionicHistory.goBack();
      } else {
        showConfirm();
      }
    }
  }, 402); //101优先级常用于覆盖‘返回上一个页面’的默认行为
})

二、下载上述代码中所需要的插件$cordovaKeyboard即可：

   npm安装命令如下

cordova plugin add https://github.com/driftyco/ionic-plugins-keyboard.git

注：应该注意的是：本问题出现的原因是因为返回键和ionic中的控件优先级出现了矛盾，望注意！

有什么问题，欢迎指正